值得注意的是，路德在《九十五条论纲》里至少两次提到理性：一处是“我们用理性或《圣经》都无法证明，这些灵魂没有优点，不能在爱里成长”（第18条）；另一处是“对于信徒的这些非常严肃的疑问，仅用教皇权力压服而不用理性反驳，必定使教会和教皇受敌人耻笑，并使基督徒大众不悦”（第90条）。路德是一个基督教徒，不是无神论者，不可能否定宗教。然而，他不是像经院哲学家那样满足于空谈理性，而是强调《圣经》和理性对个人信仰的重大作用，与教皇和教会的权威相对抗，影响重大。海涅说：“自从路德说出了人们必须用《圣经》或用理性的论据来反驳他的教义这句话以后，人类的理性才被授予解释《圣经》的权利，而且它，这理性，在一切宗教的论争中才被认为是最高的裁判者。这样一来，德国产生了所谓精神自由或者如人们所说的思想自由。……思想自由开出的一朵重要的具有世界意义的花朵便是德国哲学。”他又说：从此“德国开始了一个新时代。圣博尼法茨把德国教会束缚于罗马的那条锁链砍断了。……这个宗教本身变成另一种宗教了：印度的诺斯提教的因素从这里消失了，我们看到，犹太教的自然神论的因素在其中抬头了。”[8]
《九十五条论纲》也有局限性。它虽然攻击出卖赎罪券，否定教皇的神权，却没有反对教皇的人权，[9]甚至没有直接反对教皇，佯装教皇本人不知道（第70条、第91条）。它承认教皇在一定范围内还有赦罪的权力，而且这种权力也是不可蔑视的（第38条）。它虽然揭露了赎罪券的害处，却又认为如果自愿购买，赎罪券还是有用处的（第47、第49条），甚至认为从这个意义上讲，“如果有谁否认教皇赎罪券的效能，他应受到诅咒和谴责”（第71条）。论纲只谈宗教问题，不谈其他社会政治问题，对封建剥削和诸侯割据这样重大的事连一个字都没有提，更是一个重大的缺陷。闵采尔对路德这个缺陷看得很清楚，他说：“路德是一个蹩脚的改革家，他给软弱的肉体以安慰，过褒信仰，过贬实际”；又说：“反对教皇权，否认赦罪、炼狱、超度和其他弊端，仅仅意味着改革了一半”。[10]
尽管如此，《九十五条论纲》在当时的德国还是起了巨大的作用。论纲一贴出，震动了处处是不满的德国。它像火花落入火药桶里一样立刻燃起燎原大火。农民、平民、市民、骑士，以致整个民族都卷入到运动中来了。农民和平民把路德的反教会号召看成是起义的信号，认为和一切压迫者算账的时候到了，农民起义连年不断。市民和骑士希望打破罗马教会的统治，结束诸侯的割据局面，进而统一德国。一部分诸侯想没收教产，从中渔利。于是，整个德意志民族都发动起来了，过去主要是地方性的反封建斗争第一次达到民族的规模。此时此地的马丁·路德，绝不是脱离人民、唯恐烧着手指的庸人，而是在人民的支持下站在时代前列用舌和笔同敌人战斗的巨人，是德国各反对派大团结的核心和代表。《九十五条论纲》实际上是团结大家战斗的共同纲领。原来用拉丁文写的论纲，出乎路德的意料，被译成人人都懂的德文，争相传抄，不胫而走，两星期内传遍德国，四星期内飞传基督教世界。著名的路德派神学家弗里德里克·迈科尼乌斯热情洋溢地说：“好像是天使在传送的一样。”[11]斯特拉斯堡的市民将路德的《九十五条论纲》贴在该城每一座教堂和每一户人家的大门上，以资庆祝。
恩格斯明确指出：路德在初期曾“把一切反对派分子团结起来”，“表现出最坚决的革命魄力”，“代表迄今所有异教的全部群众来与天主教正宗信仰对抗”，并把他同1847年还是革命的德国自由派资产阶级相提并论。[12]
二、两次上书教皇
