公元前546年，战争在哈里斯河附近开始，但在这里的战斗没有分出胜负。吕底亚的军队不知出于什么原因首先撤出战斗，并退回到首都萨尔迪斯。克洛伊索斯要求它的盟友进行支持，但响应者寥寥，斯巴达虽答应派兵帮助，但行动过于迟缓，当它的军队来到吕底亚附近的海上时，吕底亚早已投降。而其他盟友更是一个兵也没有派出来。正当克洛伊索斯在忙着请求别人支援时，居鲁士决定突然袭击，打吕底亚一个措手不及，把自己的军队推进到了萨尔迪斯城下，双方在萨尔迪斯郊区的平原上对峙起来，波斯军队用骆驼对抗吕底亚的骑兵，吕底亚的马从未见过骆驼，看见骆驼并闻到它的气味后就四散奔逃。吕底亚的骑兵只好下马进行步战，遭到失败后退入城中。居鲁士的军队包围了萨尔迪斯。包围只持续了14天，波斯军队的侦察兵发现该城有一部分地方因为很险峻而无人防守，于是便从这里爬上去而夺取了城市。时间是公元前546年。据希腊作家的记载，克勒伊索斯被俘虏并被居鲁士特赦。希罗多德说，居鲁士不仅特赦了他，而且把他留在身边，后来还成了他儿子冈比西斯的顾问。[4]
吕底亚被征服后，其他小亚希腊各城邦面临如何处理与波斯的关系的问题。在同吕底亚进行战争前，居鲁士曾对那些希腊城邦说，希望它们离开克勒伊索斯而以它们臣服于吕底亚的那些条件同波斯人结盟，被它们拒绝。现在，这些希腊城邦不得不派人到在萨尔迪斯的居鲁士那里去，请求他以与克洛伊索斯相同的条件接受他们为自己的臣民。
对此，居鲁士讲了一个寓言作为回答。他说，有一次一个吹笛子的人在海边看到了鱼，于是他便对它们吹起笛子来，以为这样它们就会到岸上他的地方来。但是当他最后发现自己的希望落空的时候，他便撒下了一个网，而在合网之后打上了一大批鱼来。当他看到鱼在网里跳得很欢时，就说：“我向你们吹笛子的时候，你们既然不出来跳，现在你们就最好不要再跳了。”那些希腊城邦在得到这样的回答后知道得不到居鲁士的优惠待遇，便各自着手加强自己的防御，准备战斗[5]，并决定请求斯巴达的援助。斯巴达人回绝了他们的请求，但还是派了人去对居鲁士说，不要触动任何希腊的城邦，否则他们是绝不会袖手旁观的。但斯巴达并没有派遣军队来。因此，居鲁士也没有重视它，在任命了一个名叫塔巴罗斯的波斯人来管理这个地方，还任命了一个名叫帕克杜耶斯的吕底亚人来保管克洛伊索斯和吕底亚的黄金财富后，就率领自己的大军离开萨尔迪斯去爱克巴塔那了。
但居鲁士刚离开萨尔迪斯，被居鲁士任命来保管克洛伊索斯和吕底亚的黄金财富的那个帕克杜耶斯就鼓动吕底亚人起义，并用他所控制的黄金等财富招收雇佣军，来围困萨尔迪斯，攻击塔巴罗斯。
居鲁士威胁要把所有的萨尔迪斯居民变成奴隶。当时正在居鲁士身边的克洛伊索斯希望不要将萨尔迪斯的居民变成奴隶，而只要解除他们的武装，不许他们保存任何武器就行了。他说：“不久你就会看到他们不再是男子而成了女子了。”居鲁士听从了克洛伊索斯的意见。他让一个米底人玛扎列斯去向吕底亚人发布这项命令，并要他把随同吕底亚人一道起义的其他人都变卖为奴隶。玛扎列斯捉住了帕克杜耶斯，并攻下了普里耶涅，把那里的居民卖为奴隶。但他很快死了。居鲁士又命令哈尔帕哥斯去接替他的职务。他把所有起义的希腊城邦都平定了。一些非希腊居民，如吕西亚人和卡弗尼亚人对波斯军队进行了顽强的抵抗，战斗十分惨烈。吕西亚人把他们的妻子、孩子、奴隶和财产都集中到内城，并用火烧死，男人们则在战斗中牺牲。卡弗尼亚人也是如此顽强地进行了抵抗。但这并没有阻挡住波斯人的进攻，这些抵抗都失败了。整个小亚成了波斯的属地，哈尔帕哥斯成了那里的第一任总督，居民被课以很重的赋税并要完成军事义务。
小亚的征服，给波斯带来多方面的利益：扩大了统治地区；通过征税和占有土地而增加了收入；扩大了自己的影响，尤其是对希腊的影响；原来只有陆军的波斯，现在可以利用小亚各希腊城邦的海军了，这大大增强了波斯人的军事实力。
[1] 见《历史》，第1卷，73。
[2] 见《历史》，第1卷，53。
[3] 见《历史》，第1卷，71。
[4] 见《历史》，第1卷，90、208。
[5] 见《历史》，第1卷，141。
