波斯人对新巴比伦王国的进攻，开始于公元前539年春天。当时，波斯军队沿狄亚尔河向前推进，可能是由于河水的阻拦，[6]居鲁士的军队一直到是年的10月份才进入巴比伦。在占领巴比伦之前，在奥彼斯地方曾发生过一次战斗。指挥驻守奥彼斯的新巴比伦王国军队的就是那波尼德之子贝尔-沙尔-乌初尔。当居鲁士的军队接近奥彼斯时，城里发生了起义，但起义很快被镇压。波斯人攻破奥彼斯之后，绕过尼布甲尼撒二世时修建的长城，向南直扑西帕尔城。那波尼德当时就驻守在此，但那波尼德没有怎么抵抗就逃跑了。10月10日，西帕尔未经战斗就被占领。16日，古提乌姆的总督乌格巴尔和居鲁士的军队进入了巴比伦城。公元前539年10月29日，居鲁士本人也进入了巴比伦城。
据《巴比伦年代记》说：
在塔什利吐月，当库拉什（按：即居鲁士）同阿卡德的军队在底格里斯河畔的奥彼斯进行会战时，阿卡德人退却了。他对人们进行了屠杀，并运走了战利品。14日，西帕尔未经战斗便被占领，那波尼德逃跑了。16日，乌格巴尔，古提乌姆的总督和库拉什的军队便进入了巴比伦。然后当那波尼德撤退时，他在巴比伦被俘。在月底以前，持盾的古提人包围了艾沙基尔大门，（但）未破坏艾沙基尔的仪式和其他神庙中的仪式，为仪式规定的日期也未耽误。在阿拉赫萨姆努月第3日，库拉什进入巴比伦，并且他前面的道路被绿色的树枝撒满。在城市建立了和平。库拉什对整个巴比伦说了祝福的话。他的总督乌格巴尔被任命为巴比伦尼亚的地区长官。从基什里姆月起至阿达努月止，那波尼德命令运往巴比伦的阿卡德国家众神回到了自己原来的地方。在阿拉赫萨姆努月第11日的晚上，乌格巴尔死了。在阿拉赫萨姆努月……国王之妻（即居鲁士的妻子）也死了。从阿达努月第7日起至尼桑努月第3日止，在阿卡德服丧，而所有的人都剃光了头。[7]
在占领巴比伦城的时候，有没有发生过战斗？有文献说明，在居鲁士夺取巴比伦城时未经战斗。《巴比伦年代记》说：
16日，古提乌姆的总督乌格巴尔和库拉什的军队未经战斗便进入了巴比伦。然后，当那波尼德撤退时，他在巴比伦被俘。在月底以前，持盾的古提人包围了沙萨基尔大门，（但）未破坏艾沙基尔的（仪式）和（其他）神庙的仪式，为（仪式）规定的日期也未被耽误。在阿拉赫萨姆努月第3日，库拉什进入巴比伦……在城市建立了和平。库拉什对整个巴比伦说了祝福的话。[8]
在居鲁士的一个圆柱上的铭文中也说：
马尔都克，伟大的统治者，自己人民的保卫者，对库拉什的善事感到满意，嘱咐他进攻自己的城市……他作为朋友同他一起前进，使他未经战斗即进入自己的城市巴比伦，而不使城市遭到任何损害。[9]
但在《巴比伦史》中却说经过战斗：
在那波尼德统治的第17年（即公元前539年），波斯的居鲁士，在征服了其余的亚洲之后，用大批军队侵入巴比伦尼亚。那波尼德率领大批军队同他相遇，并进行了战斗，但在战斗中遭到失败后，便带着为数不多的（亲随）逃跑，并幽居在波尔西帕。居鲁士夺权巴比伦后，命令摧毁城市的外墙，而后便前往波尔西帕，以便包围那波尼德。城市未经受住包围而投降了。[10]
希罗多德说，当居鲁士率军夺取巴比伦城时，
巴比伦人在城外列阵，等候着他（指居鲁士及其军队）的到来。到他来到离城不远的地方，双方打了一仗。在这一仗中，巴比伦人被波斯国王战败而退守到城里去了。
巴比伦人储备了大量的粮食准备长期坚持，但波斯人摧毁了一座堤坝后，将幼发拉底河的水引入了流入巴比伦的那个地方，而后沿干涸的河床突然进入城市。当时巴比伦城里的居民正沉溺于一个节日的快乐之中。[11]
