虽然如此，新巴比伦王国内部的阶级矛盾和民族矛盾都十分复杂而尖锐。这包括被它征服的民族（如犹太人等）对其民族压迫的不满；农民、手工业者和奴隶等被压迫阶级对统治阶级的不满；祭司同王权也有尖锐的矛盾，因为那波尼德不再把当地原来崇拜的主神马尔都克神当作主神来崇拜，而是改信一个新的神——月神，而且这个月神还不是两河流域原来的月神，而是阿拉美亚人的月神，这就不仅使当地的群众不习惯，也使当地的祭司不满意；商人同当权者的矛盾，因为波斯人巩固了在伊朗高原的统治并占领了小亚，从而切断了南部两河流域同东方和西方的商业联系的通道，商人认为这是当局无能的表现，不能保护他们的利益；建立新巴比伦王国的迦勒底人和新来的阿拉美亚人（那波尼德即是阿拉美亚人）之间的矛盾等。
新国王那波尼德在上台以后又长期不在巴比伦主持政事，而是让自己的儿子贝尔-沙尔-乌初尔（《圣经》里称他为伯沙撒王[3]）代自己主持政事，他自己却率领军队到了阿拉伯半岛北部的提姆绿洲，并在那里一待就是十年。他的目的是为两河流域的商人们寻找新的商路，因为那时幼发拉底河和底格里斯河流入波斯湾的入口由于泥沙淤积，航路已经不再通畅，需要开辟新的商路。这本是一件好事，但人们并不理解。新巴比伦王国同埃及长期争霸于叙利亚和巴勒斯坦，这不仅削弱了彼此的力量，更吸引了新巴比伦王国自己的注意力，放松了对于波斯人的注意。虽然新巴比伦王国同埃及的角逐在公元前543年已经结束，但在它们都面临波斯人入侵的威胁时，却未结成强有力的反对波斯人的同盟。因此，那时的新巴比伦王国内部矛盾重重，外部又极端孤立。在新兴而强大的波斯人面前，曾经强大一时的新巴比伦王国显得软弱无力，不堪一击。
新巴比伦王国在巴比伦城以北约60公里的地方曾筑有一道城墙，长约150公里。它保护着两河流域的一些重要城市（如西帕尔、波尔西帕、巴比伦等），最早这个城墙是用以防御米底人的进攻的，现在则用以防御波斯人的进攻。巴比伦城也有两道城墙，一条护城河。但这一切却都不攻自破，未起任何作用。那波尼德受到来自各方面的埋怨和攻击。在一篇抨击他的政论性文章中说：
他推倒了公道，他用武器杀死了（强者和）弱者……使商人们失去了（商）道……毁灭了国家，使国内听不见歌声……没有高兴的事……剥夺了他们的（按：指巴比伦尼亚居民的）财产……把他们投入监狱……恶魔控制了他们，（只有）凶恶的恶魔站在（他的）一边……他没有任何神圣……国内任何人也没有看见他……他建立了辛（神的）雕像……他把部分军队托付给自己的长子，亲自带军队到（很多）国家去。他把王国托付于他，而自己则前往远方。[4]
在居鲁士的一个圆柱形铭文中也说：
那波尼德弄走了古已有之的众神的雕像……他仇视地取消了每天给神的（牺牲），他把对众神之王马尔都克的崇拜置诸脑后。他作恶于自己的城市（按：指巴比伦）……他残暴地进行统治（？），诸神离开了自己的住所……由于人们的抱怨，触怒众神的主宰（按：即马尔都克）。[5]
