在公元前526年，阿玛西斯死了，他的继承人是普萨美提克三世，他大约只统治了几个月便遇到了波斯人的入侵。
波斯人的资料没有说到远征埃及的军队数量有多少，也没有说有哪些民族的人参加了远征。但可以肯定的是，参加远征的不仅有波斯人，而且有许多被波斯人征服的民族和国家，例如希罗多德的书中说，其中有小亚的希腊人（伊奥尼亚人和爱奥里斯人）[4]；希罗多德的故乡哈利卡尔那索斯人[5]；吕底亚原来的国王克洛伊索斯作为冈比西斯的顾问也在远征军中；据巴比伦尼亚的资料，也有巴比伦人参加了远征军，据Camb，334，一个参加远征军的巴比伦弓箭手从埃及带回来一个埃及人及其女儿；腓尼基的海军帮助波斯人运送了远征军，据希罗多德，他们是自愿前来投靠波斯人的；[6]阿拉伯人也对波斯人提供了帮助。
据希罗多德说，一个在埃及充当雇佣兵的卡尔那索斯人帕涅司因对当时的埃及国王阿玛西斯不满，因而投靠了波斯人，向冈比西斯建议派人到阿拉伯的国王那里去，向他请教安全行军的方法。冈比西斯听从了他的建议，找到了阿拉伯人，阿拉伯人同意帮助波斯人，双方缔结了同盟，在波斯人到埃及去的道路上的沙漠地带，阿拉伯人带着盛有水的皮囊，赶着骆驼，引导波斯人穿过了沙漠地带。由于这件事，后来，在波斯帝国里，阿拉伯人享有同盟者的地位，而不是被征服者的臣民地位。[7]
冈比西斯对埃及的征服总的说是比较顺利的。在埃及的希腊雇佣军司令帕涅斯也投降了。波斯人远征埃及的第一仗是公元前525年春在埃及的东部边境城市别努西亚进行的，战斗进行得非常激烈。当时，埃及的军队主要是希腊雇佣军，虽然他们的司令官帕涅斯已经投降，但这些雇佣军士兵的战斗却异常顽强，双方死亡枕藉，几十年后，希罗多德到那里访问时，还看到遍地尸骨：
在曾经进行了这场战斗的战场这里，我看到了当地人指给我的十分奇妙的现象。双方在这场战斗当中的战死者，他们的遗骨是分别地散在那里的（原来波斯人的遗骨在一个地方，而埃及人的遗骨则在另一个地方，因为两军在起初便是分开的）。[8]
别努西亚战斗以埃及人的失败而告终。以后，波斯人对埃及的远征就比较顺利了：在别努西亚失败的埃及军队逃到了孟菲斯，埃及军队的司令官乌扎哥勒森特叛变投敌并交出了三角洲地区的重要城市舍易斯和他所率领的海军舰队，他们还向波斯人提供了他们掌握的各种情报，如埃及人的准备情况，埃及人的工事情况，以及应当如何绕过这些工事等。得到这些投敌者和他们提供的情报的冈比西斯所率领的远征军，沿水陆两路**，追至孟菲斯城下。冈比西斯派人去劝降孟菲斯的守城者，但使者被杀。
波斯军在攻下城池后，有两千埃及人被杀，以报复波斯使者之被杀。[9]不久，埃及全境都落入波斯人之手。埃及以西的一些利比亚部落和昔勒尼、巴卡尔城（这是两个希腊人的城市）自愿臣服于波斯，其标志是它们给波斯人送去了象征自己臣服的礼物。波斯军队大概对埃及进行了大肆掠夺，在波斯的王宫中发现了大量有尼科、阿玛西斯和普萨美提克等法老名字的物品。埃及被征服了，波斯成为一个地跨西亚和北非的帝国。
