叛军从萨尔迪斯出发后，来到弗里吉亚，小居鲁士在这里得到了部分雇佣军与之会合，后来又得到基里基亚国王斯维涅西亚的妻子（她成了小居鲁士的情妇）在资金上的支助，她给了他很多的钱，使小居鲁士能够支付雇佣军4个月的工资（她的丈夫却采取了两面政策，据戴奥多拉说，他一方面派了自己的一个儿子到国王那里去报告了小居鲁士的打算；又派另一个儿子到小居鲁士那里去，给了他一些军队和金钱）。[5]而后，叛军沿着险峻的、没有设防的道路进入了基里基亚。直到此时，小居鲁士还未向他的军队说明自己进军的真实目的——反对阿塔薛西斯二世，只说是去攻打与小居鲁士有矛盾的当时在幼发拉底河边的叙利亚的总督阿布罗科姆。但有些雇佣兵已经怀疑小居鲁士是去与国王作战。一直到小居鲁士的军队到达了叙利亚的塔普沙克城时，小居鲁士才召集他的希腊雇佣军的将领们宣布说，他是要带领他们去攻打国王阿塔薛西斯二世，命令他们转告他们的士兵们。小居鲁士还答应给每个雇佣军士兵每月5明那白银。
叛军在富饶的叙利亚补充了粮食等。但小居鲁士在行军沿途开始遇到麻烦，特别是开始有人要背叛他。例如一个名叫奥隆特的波斯贵族向小居鲁士说他要带领1千骑兵去攻打在小居鲁士的行军前方进行破坏的阿塔薛西斯二世的军队。小居鲁士同意了。但这个波斯贵族却写信给阿塔薛西斯二世，说他将率领自己的军队转到他那一方面去。但信却落入到小居鲁士手中，奥隆特被逮捕，并被处死。
叛军到达巴比伦尼亚后，小居鲁士检阅了自己的军队，对军队作了动员，他答应在他取得胜利后给他们巨大的报酬。他说：
诸位，我父王疆土广阔，南至无法居住的热带，北至无法居住的寒带。在这两极之间都由我哥哥的友辈分省而治。如果我们获胜，我们将安排我们的人去管这些省份。因此，成功之后，恐怕不是我将无物足以给予诸友，而是怕没有足够多的友人来分享。至于你们希腊士兵，我将格外给你们每人一套金花冠。[6]
小居鲁士的军队和国王阿塔薛西斯的军队的会战发生于公元前401年9月3日，地点是在离巴比伦90公里处的库纳克斯村附近。指挥国王军队的是阿布罗考姆斯、蒂萨弗尼斯、戈布律亚斯和阿巴赛斯，不过，阿布罗考姆斯及其军队还未到位，还在从腓尼基到巴比伦尼亚的途中，他晚到了5天，因而实际上并未参加战斗。
开始时，阿塔薛西斯二世的军队没有和小居鲁士的军队交战，而是向后撤。小居鲁士认为这是国王不敢打，“已放弃战意”，因此小居鲁士就大意起来。
第三天进军，他坐在战车上，只带了一小队人马在他面前列开，而大部队伍都散乱行进，并且好多士兵的武器和装具都在由车辆和驮马运载着。[7]
希腊雇佣军配置在小居鲁士军队的左右两翼。在其右翼的是由克列阿尔赫指挥的几千骑兵；在左翼的是小居鲁士的主助手阿利亚率领的部分波斯军。小居鲁士自己带着600名骑兵居中。他的这些骑兵均佩戴着胸甲、护胫和铜盔，并用希腊剑武装了起来。但小居鲁士本人却未戴头盔，说明他有些轻视其兄，没有看到当时的危险性。阿塔薛西斯二世的军队的左翼是蒂萨弗尼斯指挥的着白甲的骑兵；在他们旁边的是轻装部队和埃及重装步兵。在他们的军队的前面是滚刀车。阿塔薛西斯二世处于中央，他把军队展开成半圆形。
