在第三阶段，由于斯巴达人支持了小居鲁士的叛乱，因此波斯国王阿塔薛西斯二世不管斯巴达的态度如何，极力恢复其在小亚西海岸各希腊城邦的统治权。小亚西海岸各希腊城邦向斯巴达求援，于是，在公元前399年，斯巴达向小亚沿岸派遣了五千人的军队，从而引发了斯巴达与波斯帝国长达五年的战争，战争中双方互有胜败。公元前395年，斯巴达国王阿格希劳率领的军队在原吕底亚王国的首都撒尔迪斯附近大败了波斯军。而波斯国王阿塔薛西斯二世也派人携带大量金钱前往希腊，收买雅典、底比斯等城邦，使它们起来反对斯巴达。而恰在此时，希腊各城邦不满斯巴达的霸权，在波斯人的怂恿下，它们组成了一个反斯巴达的同盟，其成员有底比斯、科林斯、雅典和阿哥斯等城邦。公元前395年爆发了名为科林斯战争的反对斯巴达的战争（因为这次战争主要是在科林斯地峡进行的）。首先起来反对斯巴达的是底比斯。为了应对这场战争，公元前394年，斯巴达派遣自己著名的将领来山德率领军队前往对抗，但他却战死在底比斯。斯巴达又从亚洲召回了阿格希劳，让他率领斯巴达军队去对付联军。虽然在喀罗尼亚一役中，斯巴达军打败了联军，但在公元前394年，在海上，雅典和波斯的联军在雅典人科隆的领导下，在小亚的克多尼斯地方打败了斯巴达的海军，斯巴达的85艘战舰损失了50艘，这使斯巴达失去了以前在小亚和爱琴海所获得的一切好处。于是，在小亚和希腊大陆到处都起来反对斯巴达，斯巴达的霸权受到严重打击。雅典却借此大有重新崛起之势。
而且，科隆率领的舰队还在伯罗奔尼撒海岸对斯巴达的沿海地带进行破坏，使斯巴达在海上的霸权一蹶不振。斯巴达人的处境极大地恶化，它不得不与波斯人谈判议和。而波斯人又怕斯巴达过于削弱，雅典人的实力增强会对自己不利，于是又与斯巴达人接近。公元前387年，斯巴达的全权代表安塔客达斯与波斯在苏撒谈判，缔结了“安塔客达斯和约”，又称“大王和约”，和约以阿塔薛西斯的口气说：
阿塔薛西斯国王认为亚洲诸城邦以及岛屿中的克拉佐美纳伊岛和塞浦路斯岛应当归他所有；他想，其余的希腊诸邦，不论大小，皆应独立自主，但勒谟诺斯、音不洛斯和斯西罗斯等三个岛屿仍应隶属雅典。凡不遵守这个和约者，朕阿塔薛西斯将依赖遵守和约各邦之助以反对之。我将从陆上、海上，用舰队、用金钱做到这点。[1]
雅典虽然不那么愿意，但还是在和约上签了字，因为主导这个和约的不是雅典，而是波斯帝国，雅典没有力量来既反对斯巴达又反对波斯帝国。在此和约签订后，小亚沿地中海西岸各希腊城邦都实际上归属于波斯帝国了，回到了希腊波斯战争以前的状况。和约还宣布，除了斯巴达及其盟国以外，禁止希腊本土各城邦组织任何同盟。这表明，波斯帝国已经恢复了它在希腊波斯战争以前对地中海东部的霸权，不仅如此，现在，它似乎还可以控制希腊大陆的各个城邦，成为希腊命运的主宰，得到了希波战争没有取得的成果。
波斯帝国不仅在希腊各邦中挑动不和，让它们互相猜疑和争斗，而且在希波战争时期和战后，还收买包括政治家在内的许多希腊人，让他们为波斯人所用。例子之一是，雅典著名民主派领导人泰米斯托克利，他在希波战争时曾率领雅典海军在萨拉米海战中打败波斯军，但因他接受了贿赂而被查出，被迫逃亡波斯，成为波斯皇帝的座上客。波斯国王还封给他一块领地，后来他就客死在波斯帝国。之二是，据希罗多德说，波斯人曾给一个希腊的马其顿人以采邑。[2]之三是，雅典民主派重要人物之一阿尔西比亚德也曾在公元前412年逃往波斯帝国的小亚地区，投靠了波斯帝国在当地的总督梯萨弗尼斯，后来，当雅典海军在埃利特里亚附近遭到惨败后，他又回到雅典，成为雅典海军的总指挥，多次打败斯巴达海军。之四是，据希罗多德，
臧克列的国王司枯铁斯从伊努克斯逃到了喜美拉，而他从那里到达了亚细亚之后，便到国王大流士的地方去了。在大流士看来，他是从希腊来到这里的一切人当中最诚实的人物，因为他得到国王允许返回了西西里，但是又从西西里回到大流士那里去。他最后是死在波斯的，他死时享了高龄并且拥有巨大的财富。”[3]
之五是，在大流士统治时期，一个名叫戴马拉托斯的斯巴达的国王逃到了大流士那里，得到了厚待：“大流士盛大地欢迎了他，给了他土地与若干城市。”[4]
[1] 见李天佑：《古代希腊史》，第511-512页。
[2] 见《历史》，第8卷，136。
[3] 见《历史》，第6卷，24。
[4] 见《历史》，第6卷，70。
