在攻占了推罗后，巴勒斯坦的大部分都投到了亚历山大一边，只有一个加沙城例外。加沙城很大，建在高岗上，四周的城墙很牢固，是从腓尼基通往埃及路上在沙漠边缘上的最后一座城市。当时有一个名叫巴提斯的宦官占据着加沙城，有一支由阿拉伯人组成的雇佣军，而且储备了大量的粮草，打算长期死守。在这里，亚历山大又遇到了顽强的抵抗，他本人也被射伤。该城被攻破后，“加沙市民还是抱成一团顽抗。每个人都在自己的岗位上战斗到底，结果全部被歼。亚历山大把他们的妇孺都贩卖为奴”。[5]
在占领了加沙之后，亚历山大便率领远征军前往埃及。第七天到达埃及境内的白露西亚。他的舰队从腓尼基出发，沿岸和陆上的部队齐头并进，也已到达白露西亚。当地的波斯官吏马扎西斯拱手让亚历山大进了城。亚历山大一边派兵驻守白露西亚；一边命令海军沿尼罗河上溯直到孟菲斯。他自己则率部到赫拉奥波利斯。然后，他又乘船沿尼罗河顺流而下，到达后来以他的名字命名的地方上岸，觉得在这里修一座城市非常理想，于是，在他的命令下，建造了一座亚历山大里亚城。
据说亚历山大打算把城墙的具体位置在地面上勾画出来，留给筑城的人按线修建，但找不到画线的材料。后来有一个准备参加筑城的人异想天开，出了一个好主意：把士兵们随身用容器盛着做口粮用的粗粉收集起来，国王在前面走，后边跟的人就往地上撒，走到哪撒到哪。就这样，亚历山大设计的围绕市区的那道城墙的具体位置就算划出来了。[6]
在埃及期间，亚历山大曾去拜访过利比亚沙漠中的阿蒙神庙，
一个原因是他打算去问卜，因为阿蒙的神谕被确认为总是千真万确的……另一个原因是……想对他自己了解得更准确一些，至少他事后可以说他对自己了解得更清楚了。[7]
据阿里安说：
阿蒙庙所在地区极目四望，一片荒凉，茫茫沙漠，滴水难得。但庙宇周围小小的中心地带（最宽的地方约有四十斯台地），却是绿树成荫，有橄榄、棕榈等树。在所有这一带地方，只有这一处能有露水。还有一股泉水从地下涌出。这口泉和一般从地下冒出来的泉水大不相同。它冒出来的水一到中午，喝起来就非常清凉，用手一摸更觉得凉爽，简直凉到不能再凉了。但一到傍晚太阳落的时候，水就开始暖起来，越晚越暖，到半夜最暖。半夜以后就又慢慢变凉，天亮时就已经凉了，到中午时最凉。一年到头，每天都是这样循规变化。这一带还产天然食盐，是从地里采掘出来的……亚历山大视察了这个绿洲，赞不绝口。他还祈求神示，据他自己说是得到了他梦寐以求的那种回答，然后就回埃及了。
去绿洲中的阿蒙神庙，亚历山大是沿着海岸一直走到帕拉托尼亚，然后转入内陆，向阿蒙神庙走去，路上一片荒凉，大部分是沙漠，无河水。途中，军队迷了路，连向导都不知道往哪儿走。据托勒密记载，是两条蛇指引了路；而阿瑞斯托布拉斯记载说是由于一只鸟引的路才使亚历山大走出了困境。至于从绿洲回来，阿瑞斯托布拉斯说他是由原路回去的，但托勒密却说他走的是另一条直奔孟菲斯的路。[8]
在孟菲斯，他接见了从希腊来的一些代表团，补充了军队，整顿了埃及的政务。他把全埃及分为两个省，分别任命埃及人多劳斯皮斯和坡提西斯为省长，但坡提西斯不愿就任，于是就叫多劳斯皮斯统辖全境。此外还任命了由希腊人担任的驻军司令等。
公元前331年春，亚历山大率领远征军离开埃及继续他同波斯人的战争。他途经尼罗河三角洲、西奈半岛、巴勒斯坦和叙利亚，到达两河流域，穿过幼发拉底河和底格里斯河，来到两河流域北部地区。在这里的高加美拉，在公元前331年的9月，远征军和波斯军队进行了最后一场大战——高加美拉之战。
[1] 见《亚历山大远征记》，第2卷，11。
[2] 见《亚历山大远征记》，第2卷，18。
[3] 见《亚历山大远征记》，第2卷，24。
[4] 见《亚历山大远征记》，第2卷，24。
[5] 见《亚历山大远征记》，第2卷，27。
[6] 见《亚历山大远征记》，第3卷，2。
[7] 见《亚历山大远征记》，第3卷，3。
[8] 见《亚历山大远征记》，第3卷，3。
