圣祖初年之辅政，为索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人，皆非宗室。受命后以非从来成例，跪请诸王、贝勒共任，诸王、贝勒以遗命不敢违，乃奏知皇太后，誓告于皇天上帝及大行灵前，中有“不私往来诸王贝勒等府，受其馈遗”之语。是亦以太后为中心，遗诏为根据，惩于前次摄政之太专，以异姓旧臣当大任，而亲王贝勒监之其用意可见也。然事权所在，必有积重。辅政四人中，忠梗者居其二，有一专横之鳌拜，即有一缄口不语之遏必隆。康熙初仍看辅政跋扈之事。至八年五月，圣祖亲政。辅政时于国家本计，民生要务，亦无大影响。其资望最高之索尼，于康熙六年六月先卒。卒之前，因鳌拜专擅，于三月内请圣祖早亲政，而未即行。至七月己酉初七日。始行亲政礼，然鳌拜横暴犹昔。自索尼卒，鳌拜不循遗诏中原次，自居辅臣之首。先是，鳌拜以己隶镶黄旗，国初圈地，镶黄旗屯庄在保定、河间、涿州之地，嫌其瘠薄，令以正白旗所圈之蓟、遵化、迁安诸州县分地相易，正白旗地不足，别圈民地补之。令下，所涉州县旗民俱大扰，耕耨尽废。大学士兼管户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联俱力争之。辅臣中惟苏克萨哈隶正白旗，不赞圈换之议，余均徇鳌拜议。尚书、督抚坐迟误阻挠论死，苏克萨哈不对，鳌拜卒矫诏并予弃市，事在五年十二月。明年圣祖亲政，苏克萨哈请守先帝陵，罢辅臣任。鳌拜与其党大学士班布尔善等谓苏克萨哈不欲归政，论以大逆，与其长子俱磔死，余子孙俱斩决，籍其家，并斩及其族人白尔赫图等。奏入，圣祖不许，鳌拜攘臂上前，强争累日，卒坐苏克萨哈后，余悉如议。又前后杀大臣不附己者。与弟侄及同党相比，至请申禁言官，不得上书陈奏。八年五月，乃诏逮鳌拜廷鞫，褫职籍没，与其子那摩佛俱禁锢之，弟侄及同党多坐死。及鳌拜死于禁所，乃释那摩佛。后圣祖晚年，念鳌拜战功多，赐一等男爵，以其后袭。世宗朝并复其一等公爵，世袭罔替，加封号曰超武。乾隆间，复降为一等男世袭。
圣祖初年辅政四臣事实及鳌拜罪状，据官书，鳌拜罪亦终不掩功。而世传圣祖逮鳌拜时，恐其不胜，至谲以取之，具见满人纪载。《史稿》亦录入《本纪》云：“八年五月戊申，诏逮辅臣鳌拜交廷鞫。上久悉鳌拜专横，特虑其多力难制，乃选侍卫拜唐阿年少有力者，为扑击之戏。是日鳌拜入见，即令侍卫等掊而絷之。于是有善扑营之制，以近臣领之。”云云。观上虽亲政，鳌拜攘臂上前，必行其意，竟无如之何，则帝之威令有不行，至以术取乃定。是亦见圣祖童年，早能不动声息，以销肘腋之患。而辅政之始末，亦清初一重事，不可不稍详也。
四辅臣时，有复行明季加派之失，数月即罢，未为永害，要亦辅政时之阙失。《史稿·四辅臣传》论云：“四辅臣当国时，改世祖之政，必举大祖、太宗以为辞。然世祖罢明季三饷，四辅臣时复征练饷，并令并入地丁考成。此非太祖、太宗旧制热也，则又将何辞？”考此事纪传志皆不见，独见此于传论，意谓事非经久，可不特书，附著一语，亦文省事增例也。然清以不加赋为特长，非明著此变，恐成疑议。考《东华录》：顺治十八年八月甲寅，户部遵旨议覆：“查明季加增练饷，并无旧案，止有遗单一纸，每亩派征一分，直隶等十三省，共计五百七十七万一千余顷，每亩一分派征，计征银五百余万两。请敕该抚于十八年为始，限三月征完解部。至云贵系新辟地方，无旧案可查，敕该抚于见征田地内，照数征派，汇册到部。”得旨如议速行。是年十二月己未，左都御史魏裔介奏请停止。辛酉谕户部：“除顺治十八年已派外，康熙元年通行停止，尔部作速刊示，遍行晓谕，使小民咸知。”
鳌拜既逮治，圈地事停，诸被诬者皆复，或予谥恤。于是举经筵，置日讲官，改内三院大学士衔为殿阁大学士，复翰林院，用儒臣编纂经义，凡辅政时所不足于世祖朝之渐染汉俗者，次第复旧。十二年五月，侍臣请以夏至辍讲，圣祖特谕：“学问之道，宜无间断，其勿辍。”视朝讲学，纳谏求言，悉用前代盛明故事。接见士大夫之日多，士大夫浸浸向治，而撤藩之议起。
