谓最澄为《别传》的编著者，还不足以成为定论。关键是如何解释“贞十九二月十三日毕”。这一题记或者是写作时间，或者是抄写时间。如果是抄写时间，也有两种可能，一是最澄得到的抄本的抄写时间，一是最澄本人的抄写时间。前文将此解释成最澄本人的编写时间，并提供了一些证据，然其中也有不少疑问。最澄《台州录》末有“大唐贞元贰拾壹年岁次乙酉贰月朔辛丑拾玖日乙未”之题记，表明他是知道其年为贞元二十一年的，虽然最澄的口语不大好，还需要义真作为译语，但入其国而不知其年号岁次，这种可能性到底有多大则很不好说。《曹溪大师传》列入《越州录》中，如此则应是贞元二十一年二月十九日后至五月间在越州所抄写，如果是二月十三日抄写或编著，就应列入《台州录》而不是《越州录》中。抑或是最澄本于台州时所写，后又于越州重新抄录，故列入后录，然此说终觉牵强。祖芳书后以贞元十九年为乙酉岁，将之推迟了两年，与书中错误相应，然而又谓“大师迁寂乃唐先天二年，至于贞元十九年，得九十一年”，时间又不错了，这到底是为何，不好解释。假如是最澄编著，其中“编”的成分到底有多少则很难说，其中有些错误很可能《宝林传》等所引资料原来就有。
忽滑谷快天、胡适等多数学者认定建中二年（781）为《别传》的著作时间，如此贞元十九年被认为是最澄得到的抄本的抄写时间。虽然《别传》中最后提到的时间为建中二年，但这只能表明其作于此年后，不能证明确实作于此年。如果说《别传》作于建中二年，其距肃宗之时不过二十年，作者本人很可能就是活跃于肃宗时代的当事人，怎么可能将乾元和上元弄颠倒，出现那么多的时间错误呢？《别传》引述了《宝林传》的内容（详后），建中二年时《宝林传》尚未编著，故作于此年的可能性不大。
如果将此题记作为写作时间，即贞元十九年（803）二月由一不知名的僧人写成此传，也有可能。其时《宝林传》已经面世，虽然可能尚未流行，其部分内容却有可能为人所知，作者杂取《宝林传》与神会系之说，写成此传，两年后为最澄所见，予以抄录，也很有可能。此书原名过于冗长，最澄进献时称为《曹溪大师传》，但这并不是原有的书名，故后世屡有改易，无著道忠称之为《六祖大师别传》，祖芳以之作《曹溪大师别传》，未有固定的名称。
《别传》虽然有许多差失，但它记录了一些非常重要的原始材料，对研究六祖历史和《坛经》有很大价值。从其内容来看，其材料来自神会和令韬（“行淊”）两系的传说，诸弟子中有关两人的记述最多。传中提及的六祖弟子有印宗、神会、行淊（令韬）、灵振（不在四十三人之列，然独受六祖赞赏）、崇一（宗一）、韦據，连法海的名字都未见，亦未提及《坛经》，大概多述《坛经》未记或记而未详之事。传中对神会很推重，称之密受付嘱，并受六祖印可，得真正受三昧，可见当时神会一系影响很大，可能当时普遍认为神会是六祖的传人。为了特别抬高神会，还故意说六祖仪凤元年（676）四月八日初开法时神会便在，其实当时神会尚未出生，其十三岁时也未隶籍荷泽寺，所谓“时有荷泽寺小沙弥神会，年始十三”云云，编造得实在离谱。胡适早已在《坛经考之一》中指出其中五祖传法惠能时的法语实是取自神会《显宗记》，这表明其与神会一系的传说关系密切。
《别传》中还有一个非常重要的记载，即二十八祖说和传衣说。传中述五祖告诉惠能说：“如来临般涅槃，以甚深般若波罗蜜法付嘱摩诃迦叶，迦叶付阿难，阿难付商那和修，和修付优波掬多。在后展转相传，西国经二十八祖至于达磨多罗大师，汉地为初祖，付嘱惠可，可付璨，璨付双峰信，信付于吾矣。吾今欲逝，法嘱于汝。汝可守护，无令断绝。”又云“衣是西国师子尊者相传，令佛法不断”。此二十八祖说唯见于曹溪原本（及宗宝本、德异本）和《宝林传》，而传衣始于师子尊者说唯见于《宝林传》，诸本《坛经》皆无此说，《神会语录》和《历代法宝记》均言传衣始于菩提达摩，可见《别传》与《宝林传》颇有关系。
今存之《宝林传》尚缺第九卷、第十卷，依其体例，第九卷应为四祖道信、五祖弘忍及其弟子神秀等传，第十卷应为六祖惠能及其弟子传。《别传》可能部分取材于《宝林传》第十卷。《别传》题为“唐韶州曹溪宝林山国宁寺六祖惠能大师传法宗旨并高宗大帝敕书、兼赐物改寺额、及大师印可门人并灭度时六种瑞相、又智药三藏悬记等传”，标题冗长杂乱，《宝林传》题为“大唐韶州双峰山曹溪宝林传”。《别传》称“唐”而非“大唐”，无“双峰山”之字（或嫌与四祖之双峰重复），于“宝林山”后又加“国宁寺”，后面又拉上了许多话，最后称之为“传”，可见二者标题有相似之处，《别传》似取法于《宝林传》。
最澄可能是看到或听人讲到《宝林传》一书的部分内容，又加上神会一系的传说，编成此传。《别传》记宝林寺之由来和历史很详细，最澄未到过曹溪，可能取之于《宝林传》。自《宝林传》之名可知此书必然要详述宝林寺之历史，《别传》所述正合此义。然从传中所记诏书的错误和全篇章法的混乱可知最澄可能未见《宝林传》原书，只是见其残部或听人讲述而记，故多有脱误不详之处。如于“开元十一年”下接“有潭州瑝禅师”，显然不合，应于其后接别的内容，或许正应是“孝子”来取六祖之首事，而误将此事当作开元二十七年（739）之事。因为瑝禅师事下文有景云二年（711）二月八日悟道之记载，自然不应云开元十一年瑝尚未悟道。瑝禅师事后有“皆是能大师门徒也”之句，而此事只涉及大荣（应是“玄策”之形误）和智瑝两人，且事实上专述智瑝禅师事，故还应有其他弟子之事（如《坛经》参请机缘门所述），而最澄不知，或听后忘记了，或讲述者自己也记不全。这也证明最澄只是记录整理，并非有意著六祖传记，其误脱缺失之处是由于材料不备，并非作者不懂章法、不善著文。
