神秀受具之后到五十岁之间的历史不详，可能这段时间主要是“锐志律仪，渐修定慧”，一方面钻研律学，一方面修习禅法。《大通碑》谓其精“四分律仪”，然不会是在江南游学时所习，因为其时南方盛行十诵。从年龄上讲，他有可能当道宣（596-667）的亲传弟子，然其受具的洛阳天宫寺却是相部宗的根据地，法砺亲传弟子昙光曾住锡天宫寺，因而其所宗更有可能是相部律。
据《大通碑》，神秀五十岁时始至黄梅从学五祖，苦节为务，服勤六载，深得法要，为五祖门下大弟子，颇受赏识。然《传法宝记》却称其“至年四十六，往东山归忍禅师，一见重之，开指累年，道入真境，自所证，莫有知者”。其实《传法宝记》所说，不过是为了让神秀成为五祖门下资格最老的弟子，言其在五祖初开法时便来参礼。五祖于永徽二年（651）四祖灭度后始正式开法，其时神秀恰好四十六岁。五祖名闻天下，是在其开法数年之后，不可能是在其初住东山时，故应依《大通碑》。
神秀可能是在永徽六年（655）或次年到达黄梅。虽然他是学识渊博、有一定声望的学僧，却不摆架子，甘愿服勤六载，不分昼夜，是以颇为五祖所重，叹曰：“东山之法，尽在秀矣。”又“命之洗足，引之并坐”，隐然有付法之意。在这种情况下，神秀却“涕辞而去，退藏于密”，究竟是什么原因呢？
杜继文认为是被官方强令迁适，道是“永徽四年（653），浙江发生陈硕真起义，官方牵连的面极大，江左沙门受到普遍打击。神秀在弘忍门下服勤六年，即被强令迁适，可能与此事件有关”[2]。
神秀的含泪而行肯定与官方的不容有关，然不一定是受陈硕真事件的直接影响，因为神秀辞别时已在龙朔元年（661），上距陈硕真起义已经多年。杜继文已经指出，负责平定陈硕真起义的崔义玄原任蕲州刺史，对道信一系颇为尊重，是以弘忍门徒不应直接为此受牵连。然历代朝廷都对私度僧人严格控制，神秀虽然出家多年，却依然是一个未经官方正式批准的私度僧人，没有合法地位。弘忍在东山聚集徒众千人，为首者却是一个私度僧人，这不能不引起官方的猜忌。是以神秀的远遁是必然的、不得已的。
据第五章，弘忍大师可能由于帮助解州城之围而受到朝廷的怀疑，是以高宗于显庆五年（660）两次下令迎请五祖入京，名是供养，实是胁迫。五祖对此断然拒绝，因而受到来自官方的巨大压力，五祖不得已，便于龙朔元年（661）付法于惠能，并解散僧团，令诸弟子分化一方。五祖虽然遣散弟子，以释朝廷之疑，然而其弟子还是受到迫害，作为教授师的首座大弟子神秀更是首当其冲，不得不“涕辞而去，退藏于密”。
还有一个原因，神秀虽然学问渊博，却是一个比较传统保守、创造性不足的人，只知谨守上代教法，不敢发挥己意，因而在呈偈比试中落了下风，未能得到祖位。这一事件对他的信心打击很大，自觉无颜再留在东山。
神秀离开东山后，远遁荆楚，过着一种半隐遁、半逃亡的生活。《传法宝记》称其“后随迁适，潜为白衣，或在荆州天居寺，十所年，时人不能测”。大概刚开始时，他被迫佯装还俗，外示白衣，内服法服，后来风声稍松，便住荆州天居寺。直到仪凤年中（677-679），“荆楚大德数十人，共举度住当阳玉泉寺”，自此他才取得“名在僧录”的合法僧人的地位。
神秀仪凤中正式开法之后，影响迅速扩大，学众如云，往来成市，其声势超过了道信、弘忍之时，因而引起了朝廷的重视。久视元年（700），武则天迎之入京，亲加跪拜，一时尊荣，无能过之，然而这并非神秀本意，他“屡乞还山”，终不得许，最后还是终老于洛阳天宫寺，卒赠“大通”。
