六祖禅法得自《金刚三昧经》处甚多，如经云“无名之名，不无于名”，六祖则直言“无名可名，名为自性”，如此姑不尽述。六祖本人尽管依据现有材料未曾直述此经之名和文句，但其弟子玄策、神会确曾直接引用此经，玄策为六祖之大弟子，其智慧悟境在六祖门下是第一流的，永嘉玄觉、智隍等皆赖其开示引导而归于六祖门下，据《坛经》，玄策对智隍述六祖法要时云：“吾师所说，妙湛圆寂，体用如如，五阴本空，六尘非有，不出不入，不定不乱，禅性无住，离住禅寂，禅性无生，离生禅想，心如虚空，亦无虚空之量。”隍闻上言而有所悟，便至六祖处参问，并述玄策之言，六祖对此作了充分肯定，称“诚如所言”。玄策之言大义出自《金刚三昧经》其中“禅性无住，离住禅寂，禅性无生，离生禅想”直引此经文句，只是现存本作“禅性无生，离生禅相，禅性无住，离住禅动”，元晓《金刚三昧经论》所引经文与现存本同，并释“离住禅动”云“有住著则是动”[2]。经典传本不同，文字稍异，亦不足怪，然考其文义，应以玄策所言为确。禅性本来无住，远离执著禅之系缚死寂，是念念不住、自在解脱的，“心不住法，道即通流”，心若住法，即自生滞，名为自缚，因此住禅是滞留、死寂、不通流、无活力之禅，同乎无情，不能说是动。禅性无住，表明其自在通流、念念不滞，为自由自在灵活自如之义，与住禅之死寂、停滞相反，言住禅动，义正相违。禅性本来无生，言其清净寂灭、无生无灭，远离生灭虑知相，远离分别二见，“无有动静”，因此无有生禅之分别妄想。若以禅性有生，则有始终，有出入，则非常定大定，有生禅即是生灭、出入之动相，经云：“如彼想禅定，是动非是禅”，有生禅则是有生灭出入之分别二见的妄想禅定。故前句言禅性自在通流，离死寂静相，后句言禅性清净寂灭，离妄想动相，禅门内传，自然无误，不同外家讹传。六祖对玄策之言予以首肯，充分表明了其对《金刚三昧经》的态度。
神会对《金刚经》情有独钟，甚至不惜篡改宗史，妄称禅宗自达摩始即以《金刚经》传宗。但他却以宣扬《金刚经》的名目，偷偷宣示《金刚三昧经》的义理：如答远法师问第四十八条末段即大段引用《金刚三昧经》；如言“解脱菩萨言：世尊，无生之心，有何取舍，任何法相？佛言：无生之心，不取不舍，住于不心，住于不法”，取自此经我相法品。又如：“心王菩萨言：尊者，无生般若，于一切处无住，于一切处无利（经作“离”），心无住处，无处住心，无住无心，心无生住，心即无生。尊者，心无生行，不可思议”，“心王菩萨言，如无生行，性相空寂，无见无闻，无得无失，无言无说，无知无相，无取无舍，云何取说（经作“证”）。若证者，即是诤伦，无净无论，乃无生行”，“千思万虑，不益道理，（注：此有脱文），则无生灭，如实不起，诸识安寂，流注不生，得法眼净，是谓大乘”[3]。以上三段中前两段引自此经无生行品，后一段引自无相法品。这些文句与现存经本文字基本一致，但亦有个别字不同，有些是属于传抄之误，故有脱文，有些则是传本不同，可以与原文对照研究。
神会引用《金刚三昧经》却不述其名，而其弟子摩诃衍则在与莲华戒辩论时公开引用此经作为自己的依据。受南宗影响的《历代法宝记》亦将此列入卷首，作为宗依。由此可知六祖门下是颇为重视此经的，并且有自己的传本，与传到朝鲜的本子稍有不同。这表明六祖之时禅宗已经公开宣示此经，使之从密传法要转为普示之法。
