六祖禅法的思想价值和实际影响是众所周知的，然其根源在于何处呢？道信、弘忍等上代祖师的禅法因然为其根源之一，亦有人认为惠能禅多取法于《金刚经》，偏重般若。但根据惠能思想的理论结构和主要内容，可知其颇受《金刚三昧经》的影响。
惠能于大梵寺说法，明言“菩提般若之智，世人本自有之”，说明众生心性本觉，本性自有般若之智“这种本觉思想，源于《金刚三昧经》本觉本利之义。惠能唯言一觉本觉，常觉不停，如《金刚三昧经》，不像《起信论》那样更分一觉为本始二觉以及四觉。”
惠能又云“我此法门，从上以来，先立无念为宗，无相为体，无住为本”，此无念，无相、无住即源于《金刚三昧经》，此经有无相法品、无生行品，又有无住菩萨，即述此理。所谓无念，其中念有两种意义，一方面指思虑、知见之念，一方面从前念、今念、后念的不同，又代表了前后相承的时间生灭关系，故念亦是一种时间单位。六祖所述无念则兼具这两种意义，故无念亦同无生。所谓无生，只是无始之义，并不意味着住止不动，时间是念念生灭，刹那不住的，面对这种不断流动的时间，心亦应随不住，一念若住，念念即住，名系缚，“于诸法上，念念不住，即无缚也”。无念即“于念而无念”，一方面随顺时间的流注，不入死寂，一方面又心无执著，不于念上生心。惠能特别强调不可“百物不思”，对镜心不起，使心变成无情死心，这种无念是一种执著和系缚，入无记空。无念应当存念而不住念，不生分别妄念。无相为体，则除灭内外有无之相，显示真如本体；无念为宗，则消除三世生死这见，得入涅槃真宗，无相无念，则心无忘念，无妄念则显露本觉本利之心，本觉本利即是本心，既不住相，又不住念，一切不住，显发真本，故无住为本。《金刚三昧经》倡言一切不住，不住无生，不住涅槃，即明此义。
惠能言“心平何劳持戒，行直何用修禅”，又反对执著坐禅，认为道由心悟，不在于坐。这一思想亦源于《金刚三昧经》，此经倡言不用持戒，不住坐禅，认为“戒性等空，持者迷倒”，“住于如理，三戒具足”，“不动不禅是无生禅”，“禅性离诸动，非染非所染，非法非影，离诸分别，本利义故。善男子；如是观定，乃名为禅”。六祖亦言“内见自性不动，名为禅”。故二者都是以自心不动、离诸分别为禅，反对形式上的坐禅。《金刚三昧经》还言受持是经者“心常在定，不失本心”，六祖亦云见性之人“无不定时”。所谓反对执著坐禅，只是不住坐禅、并非反对坐禅，坐禅仍是修习的重要形式，但不是唯一的形式，这种形式必须与自心不劝不乱结合起来，若徒有形式，便成障道因缘。
