惠能的自性理论是受五祖的传授和启发而建立的，其意义非常巨大，标志着禅宗理论上的成熟和完善，并为后世由理到行准备了条件。禅宗以心传心，所传之心当然是智慧真心，慧可、道信称之为本心，弘忍、神秀称之为本真心、真心。但清净本心如何与当下自心联系起来呢，弘忍或称此心为本心、自心，强调此心非由外得；而是从生处心，但此心又不是我见妄心，不是情识人心，真心妄心不可相混。为了解决这一问题，六祖便用自性说明此心，一方面表明是众生自有本有，非由外得；一方面表明是真净之性体，非是杂染外相。自心生起正见，便是自性本心，自心邪见炽盛，便是烦恼妄心。心悟即心成性，心迷性即是心。自心迷悟是问题的关键，染净在于迷悟，解脱流转亦在于迷悟，故智慧的开悟对于禅修具有决定性的作用。
六祖多次强调迷悟的意义和作用，如言“心迷法华转，心悟转法华”“自性迷即是众生，自性觉即是佛”“迷人渐修，悟人顿契”等，如此将一切染净诸法都归于一心，此心起用而生诸法，心迷则生染法，心悟则起净法，这是禅宗的根本思想。六祖认为，“一十八界，皆从自性起用，自性若邪，起十八邪；自性若正，起十八正”，神秀则云：“自心起用有二种差别，云何为二？一者净心，二者染心……净心恒乐善因，染体常思恶业”[1]。六祖以定慧为一心之体用，定是慧体，慧是定用，体是本体本性，是本，用是由本体派生之作用，是末，但二者恒常相即，相互决定，虽有体用本末之别，而不可以轻重论之。慧者无定，即成散乱知见，为世间干慧；定若无慧，即入死寂空定，便成无情。用无体不立，体无用不活；用离体则散乱，体离用则不显。前人多言由本生末，由体起用，故述从戒生定，由定发慧，六祖则为三学同归一心自性，并无次第之分，故反其道而言之，认为定慧一体无别，不惟从定可以发慧，而且从慧可以生定。心无智慧，邪见炽盛，如何能入正定？心自开悟，一念不起，自然心常在定，无有出入。定本心定，长坐不卧，身止不动，只是身定外定，不是内定心定。因此须以用显体，由慧生定，藉教（智慧言教）悟宗（神定心宗），明心见性。
六祖这种染净在于迷悟的思想亦是继承上代而来，《杂心论》卷十一有“正解涅槃路，邪惑生死径”之语，慧可亦言“本迷摩尼为瓦砾，豁然自学是真珠”，迷则摩尼是瓦砾，悟则瓦砾是真珠，三祖僧璨言“迷生寂乱，悟无好恶”，道信亦引智敏禅师训云“一解千从，一迷万惑”。六祖继承并发展了这一思想，指出定慧体用相生相即，并大大深化了对体用关系的认识。
六祖倡言自性是佛，标志着禅宗理论上的成熟。自性是佛是道信心即是佛理论的发展，六祖进一步证真之心，非离妄心之外别有真心，自心离念即是本心真心，自心分别则是妄心染心。如此就将本心真心与当下现实之人心结合起来，二者本来一心，一体非二，迷时则是人心，悟时则是佛心，心迷本心即是妄心，心悟妄心即是本心，心性本净，而有迷悟之用，若主开悟，自知本心，则见性成佛、顿成佛道。自性是佛义还继承并发展了慧可自度自修、自成佛道、精诚内发的思想，众生自性具足，无欠无缺，自心识取自性，则自成佛道。迷悟染净全在自心，他人无法替代，自知自见，自修自悟，方是解脱之路。
自性是佛，万法具足，故不须外求，任心即道。惠能发展了道信、僧璨任性自然，逍遥合道的思想，强调自性具足，自由自在，不用观心看净，不用持戒坐禅，皈依自性三宝即是持戒，自心不动即是禅定，故不断烦恼，不修佛法，染净俱不立，顿悟顿修，无有渐次。烦恼本无，无物可断；佛法本有，不用修证。但识自本心，见自本性，便可顿成佛道。见性之人，去来自由，任运即是，无须造作。
