六祖还改变了延续已久的密传制度，公开讲述自己的新思想。代付一人的密传制有利于保持传承的稳定，使之不至于断绝和发生混乱。但这种制度也有很大弊端，代付一人，其他人都成了庶出，因而可能发生争夺继承者的内讧。而且其他弟子所传法未必不如嫡传者所说，如此以传承定高下也不公平。六祖知此弊端，故不再传衣，也不指定传法弟子，让诸弟子通过自己的努力来显示各人、各派的佛学水平，避免了不必要的争端。同时他不再向某一弟子独传法要，而是公开向大众讲述自己的新思想，直示“自性是佛”是真意，使之得到最广泛的传播。这种公开性与其新思想是密切相关的。“自性是佛”直示了自性本心，此心不同于过去所言的离文字相、无法言说、难以把握的本觉之心，故六祖心法已非不可道路的密法，法即非密，传法方式自然不再是密传了。公开性非常有利于六祖思想的传播，当时曹溪听法者就有数千人，其后学弟子又都是公开说法，使其思想越传越广，影响越来越大，在中国思想史上占有非常重要的地位，而且其思想也具有超时代的意义，还有破除迷信和个人崇拜，弘扬个性与自主意识，树立自信、自立、自强的现代精神的作用，表现了永恒的强大的生命力。
惠能的思想主要见于《坛经》，主旨依然是道信、弘忍等上代祖师以来的一心之旨，会通般若真空与如来藏妙有两大思想体系以说明此心，藉教悟宗，其注力较多的经典有《涅槃经》《金刚经》《维摩经》《楞伽经》《法华经》《菩萨戒经》等，并非专宗一种经典。
惠能因闻《金刚经》而入道，故其早期（五祖授衣法以前）注重般若思想，从其传法偈可以知此。惠能偈云：菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。此偈乃针对神秀偈而作，神秀偈云：身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。前文已述神秀偈乃依如来藏思想而述理行、体用、悟修之义，惠能偈则依般若思想而述染净俱空、无相无得之理。众生身心本来清净，而又无有净相，身心空寂，无相可得，故不见树台色相；万法皆如，物本涅槃，诸法性本空寂，一物不存，一法不立，何有尘埃染相！故染净俱不立，心境皆空寂，无证无修，此为真修真证。神秀以自体身心为净，外物客尘为染。惠能则强调一切皆空，一法不立，不立净相，则勿须小心守护；不立染相，则不必用心去除。故由此空寂体中，而有任运自在之意，不像神秀那样念念用心，拘泥执著。但惠能此时只知破相，不解显体，故五祖认为此偈“亦未见性”，不过较之神秀的执相起心还是高出一筹。
五祖见惠能利根自悟，堪任雕琢，便密传衣法，明示心要，此后惠能才真得大法，契悟最上乘一心之义。惠能始悟“一切万法，不离自性”，并呈会处云“何期自性本自清净，何期自性本不生灭，何期自性本自具足，何期自性本无动摇，何期自性能生万地”，得到了五祖的印可。那么惠能理解的自性是什么呢？其实即是指自心本性，本心之性，即是五祖所言“识自本心，见自本性”。后来惠能更立“自性是佛”作为自己禅法的中心，并云“我所说法不离自性”。由此惠能由前期的般若思想转入以般若真空显示如来藏自性妙有，以自性说明一心，使其思想进入成熟时期。
