六祖讲禅定时亦云“外离相即禅，内不乱即定，外禅内定，是为禅定”，认为“自性不动名为禅”，“心地无乱自性定”。自性不动，十二时中自然常定，亦无出入，此是真禅定，最自然、最简单、最轻松，用不着住心看净，也不必摄心不动，同时也最难把握。当此之时，无染净之分，亦无动静之相，更无用心用力之处，故不被净缚，不被心迷，自然轻安，自然得自性般若真慧。但念自性，自无动静，无动静时，便得真定，此是自性禅定。
六祖又在传香忏悔门中明示学人要“自净其心，自修其行，见自己法身，见自心佛”，直示“自性是佛”之旨，并要学人归依自性三宝，自度自戒，自成佛道。认为自性中有三身佛。自身本净，即是清净法身，自心思量变化而成诸相，即是自性化身，自性不染善恶，即是本来实性，亦是圆满报身。自性本来是佛，因而成佛也不能外求，只能内觅，成佛方式也只能是依靠自力，自悟自修，自度自成，不能靠外在的佛和菩萨，“自性自度是名真度”。如此六祖把成佛的责任和权利完全交付给了众生自己，命运成了自己的选择，心正即自然得入佛道，得入天堂净土，心邪则自会堕入恶道，进入地狱秽土。
禅宗又以传心法门著称，但六祖似乎并未系统地说明“心”的意义。不过六祖也多次提及自心，又言“自心是佛”。所谓自心，即是自性本心，此即使六祖所传之心。心有染净、迷悟、善恶，此分别心皆是妄心，禅宗所传乃无分别之真心，心量广大，遍布虚空，无形无相，亦非语言所能描述。佛教各派都讲真心，但什么是真心，如何识取真心又很难说清楚。六祖对此作了简捷直接的说明，真心即使自性本心，即人人所具之自心，心念自性时，心即性，性即心，心性合一而入诸佛境界，此心即是佛心。自心迷时，性即是心，自心若悟，心即是性。自心常念自性，自性即是自心，如此自心即得自性般若，自然觉悟，故曰：“自心是佛”。
六祖之传心法门又称南宗顿门，此顿悟法门后来又得到神会的大力提倡，似乎成了惠能所传法的根本特点，而顿门说法起于六祖生时，原本中即有“顿教法门”之说。但六祖并不过分强调顿渐之分。他认为“法无顿渐，人有利钝”，由人根性之利钝，才有法门之顿渐。利根见性疾，故有顿悟法门；钝根见性迟，故立渐悟法门。由此顿渐本无上下高低之分，根性质利者宜学顿门，根性钝者宜学渐门。顿渐本是见性之法门，佛法本身非有顿渐。所以强立南能北秀为顿渐两宗，甚至像神会那样以顿攻渐、分别优劣是不适当的。
六祖之顿悟法门也是“自性是佛”义的一种体现，与竺道生之佛性“当有”、明理不可分、悟则全体皆见的顿悟义不同。六祖之顿悟，即“若识自性，一悟即至佛地”。识取自性，自然无内外生灭之分别心，自然超越时空，即无时间生灭，自然无顿渐之意，自然“一悟至佛地”，此“一悟”不需要任何时间，实亦无顿，无顿之顿乃是真顿。这才是六祖顿悟法门的真意。神会所云龙女须臾发心成佛，剑斩众丝所合之绳等与六祖所说全不相应，只是旧传顿悟意的翻版，足见他对于六祖宗旨之无知，这正与他实践上的攻击北宗“法门是渐”相应。
