自性，原指万法之本体真如所独具的一种不动不变、不生不灭、无内无外的超越时空的本性，故云一切法无常、无我，故无自性。又因万法是真如的变现，自性作为真如独具之特性又演变为诸法的特性，如水之湿性、火之暖性。六祖所言之自性则同时涵盖两种意义而又化解、超越了两种意义进入不可思议的境界，此时自性亦是非自性，是对自性本身的消解，同时也是自性最高的实现。因而六祖之自性便是一合空有而又一泯空有的非自性的真实自性，便是大彻大悟的佛，是佛与众生、天堂与世间的无分别的合一。
“自性是佛”是六祖说法之真意，是六祖的宗旨，这一宗旨集中体现在大梵寺所说法上，而且表现在全部《坛经》中，可以说六祖所说一切法都是“自性是佛”的体现，而六祖之后的禅宗一直是这一意旨的发展和展现。理解“自性是佛”必须先“识自本心，见自本性”，若不识自性、万劫觅佛不得。那么如何识取自性呢？不用心，不着意，不内觅，不外求，只念自己，此时心中无他，自然无内外之念，心无内外，自然超越了空间；当此之时，无前念，无后念，无前后则无生灭，自然超越了时间；只念自己时，心不在有无，亦无色空之念；只念自己时，心自无他，自然亦无“自己”之念，如此亦在完全肯定自己时完全消解了自己。如此超越时空、不在有无、非自性的自性便是真正的自性，识此自性便可自然得悟。
“自性是佛”之旨使以往的佛学经义焕然一新，成为具有新意和生命力的理论。如六祖在讲般若时讲到“自性般若”，认为“一切般若智皆从自性而生，不从外入”，学人“本性自有般若之智”。这种“自性般若”便是人人皆具的本觉之心，禅宗之传心，即是指此心。“自用智慧常观照，故不假文字”，这种本觉之心具有非文字所能表达的超常智慧，即是佛家的真慧，故不可以文字传达。“自性般若”是众生成佛的根据和结果，也是成佛的法门和工具，只有回向识取自性般若才能真正成佛，若向外求取，只能得到世俗的知见和智慧，反成障道因缘。
六祖在为大众解释功德净土时提出“身中净土”。使净土教义有了全新的意义。他认为染净不在东西，而在于迷悟。心迷则所遇皆是秽土，心悟则所处皆是净土。迷人不识身中净土，愿东愿西，自生东西净染之分别，此心早已自污，此身亦自在秽土，如何能生西方净土！如若识取“自性西方”，自净其身，即身无秽恶，则能达至身中净土，西方即在眼前，当体即是西方，何用外求西方呢！六祖的“身中净土”“自性西方”破除了当时中国人对西方世界和外在的弥陀的迷信，引导大众自信自爱，自净自悟，从理论上深化和体现了“自性是佛”义，也从实际上有利于时人的思想解放和觉悟。
六祖讲到戒定慧时亦联系自性。他认为“心地无非自性戒，心地无乱自性定，心地无痴自性慧”，如此戒定慧都变成了内在的自身的意志和境界，不再是外在的约束和追求的目标。此时戒定慧皆归于自心的起用，自然没有了时间上的次第和意义上的分别。“定是慧体，慧是定用，即慧之时定在慧，即定之时慧在定”，因此定慧一体无二，自然无先后之分。即慧之时，心无动静生灭，自然常定；即定之时，心无分别障污，自然常慧。又云“无念为宗，无相为体，无住为本”，“无念者，于念而无念”，“无相者，于相而离相，”于一切境，念念不住，即是无住。可见六祖之无念并不是单纯的摄心凝心，百物不思，不是离念而无念，而是于念而无念，亦即体知念自性非念，故念而无念，此即自性无念。无相无住亦同此义。
