前文对六祖的生平历史和《坛经》主要版本作了考释，在此基础上，将进一步探讨六祖的思想和说法宗旨。根据前文，《坛经》可分为两个部分，第一部分即大梵寺说法，集中体现了六祖的思想和宗旨，且诸本基本一致，下面即以此为材料对六祖思想进行探讨。另外曹溪原本是诸本中时间最早、内容最翔实、文字最好的一种，因此亦以此本为主要依据揭示六祖的人格、风范和宗旨。
六祖是一个自悟玄机的非常之人，在得五祖正式传法前就已对佛法有了相当深刻的理解。一闻人诵《金刚经》便开始悟道，表现了他的天生利根，继而辞亲远行以求道，更表现了他对佛教坚定不移的信心。从初见五祖时的佛性问答上，可以看到六祖对人人本具之佛性已经有了深刻的认识，故受到五祖的器重。而这一时期他的佛学思想的集中体现，便是他的传法偈语。此偈语是六祖思想发展史上的关键，一方面是他前期思想的展现，同时又是他得法的根据，是他建立自己的新思想的起点。
根据上文对《坛经》的考证，偈语之真假已不待说明。但不少人认为偈语是后人伪托，且诸本所载偈语有小异，更添疑惑。今先考证一下偈语之真假。五祖令门人作偈明心，以传衣钵。时神秀为上座，其他弟子自知弗如，故不敢作。因此只有神秀、惠能二人之偈。敦煌本神秀偈云：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，莫使有尘埃。”惠能偈有二，一云：“菩提本无树，明镜亦无台。佛性常清净，何处有尘埃！”二云：“心是菩提树，身为明镜台。明镜本清净，何处染尘埃！”两卷本神秀偈“有”作“染”，惠能偈云：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处有尘埃！”曹溪原本神秀偈云：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”惠能偈云：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃！”
敦煌本惠能偈显然有误，前文明言五祖弘忍“令门人各作一偈”，又言“惠能亦作一偈”，如何下文反成两偈？从内容上看，第二偈前句与神秀义同，只是颠倒“身”“心”，并无意义。后两句“明镜本清净，何处染尘埃”，义理则远不如神秀偈。明镜虽然清净，但有外尘染污，清净本体也会被外尘覆障，因而必须保任守护。第一偈前两句言空即是色，离空无别色，身心自然空寂，虽本来清净而无清净之相。下两句之病与第二偈同，未说明任何问题，也不能对神秀偈作有力的批驳和否定。故上下并不衔接，显然有误。因此这两偈皆是误记，这也说明敦煌本是不大可靠的。今取曹溪原本为正。
敦煌本偈语之失只说明这一版本本身有问题，并不能以此否定传法偈语。以偈传法事见诸本《坛经》及他书，而对此的否定则并无根据。事实上当时神秀的资历、威望、学问等方面皆是惠能远不能及的，若非以一偈定高下，六祖之位无论如何也轮不到一个出身低微、年纪很轻、目不识丁、到黄梅才八个月的舂米居士头上。
此事还有史实方面的旁证，足知其非假。据前惠能二十四岁龙朔元年（661）至黄梅，同年底得法后离去。而身为上座的神秀也偏偏在同年离去。据张说《唐玉泉寺大通禅师碑铭》，神秀（606—706）“逮知天命之年”至黄梅，“服勤六年”而得五祖叹赏，“命之洗足，引之并坐”，看来是准备传法于他，然而下文却是“涕辞而去，退藏于密”，退隐于不知名的地方十六七年，直至五祖逝世后才出山，“仪凤中始隶玉泉”。神秀五十六岁时正好是龙朔元年（661），在他得到五祖称赏后却“涕辞而去”，这是为什么呢？“东山之法，尽在秀矣”，如此高的评价说明五祖是准备传位于神秀的，但据下文表明终未传付于他，这又是为何呢？然一将此事与传法偈语联系起来，问题就容易得到解答了。神秀作偈不如惠能，自觉无颜再待在黄梅，但他并未灰心，而是躲到一个偏僻之处隐居起来，自己用功，后来终成北宗首领。这可与传法偈语、二十四岁说互证。
