长安三年，秀和上在京城内登云花戒坛上，有纲律师、大仪律师，于大众中借问秀和上：“承闻达摩有一领袈裟相传付嘱，今在大禅师处不？”秀和上云：“黄梅忍大师传法袈裟，今见在韶州能禅师处。”秀和上在日，指第六代传法袈裟在韶州，口不自称为第六代数。[16]
这表明长安三年（703）时神会就在长安，且长期追随秀师。
神会到京后广学多闻，知见大增，或其习五经、寻庄老当于此时。二十二岁神龙元年（705）时于长安正式受戒。其时神会游学于两京一带，但因秀师在内供养，便有请益，亦多不便。神龙二年（706）秀师圆寂，神会自觉无可依止，追思秀师令从惠能受教之语，便于景龙初年（707）再次回到曹溪。
《宋高僧传》本传记载神会见六祖时问答之语与诸书所载皆异，且其说不似一个十四岁的小沙弥所言，其实这是神会复归曹溪时与六祖的问答。
《宋高僧传》云：
及见，能问会曰：“从何所来？”答曰：“无所从来。”能曰：“汝不归去？”答曰：“一无所归。”能曰：“汝太茫茫。”答曰：“身缘在路。”能曰：“由自未到。”答曰：“今已得到，且无滞留。”[17]
神会自云无所从来，一无所归，则不来不去，同乎如来。六祖恐其坠于虚寂，故云汝太茫茫，无立足处。会曰身缘在路，意为人身无常，流行不息，修行不已，何敢止足。祖曰你没个休歇处，是由未到曹溪，若到曹溪，万缘放下，一切自在。会答蒙师指授，今已得到曹溪，虽到而不敢滞留，若有滞留，即非得到。
经过数年的磨炼，神会已成熟起来，对佛法的理解亦非儿时所能比。故一经六祖点化，便顿明心要。神会之意，仍在于无住为本，故云无来无归，身缘在路。六祖欲令其更进一步，故暗示其只知无住，还是未到曹溪，若知自性本来是佛，便可任心自在，随处立足。神会于此有省，才知自性本然是佛，性本无住，由是真得无住。六祖见其已悟，故加以印可。
神会二至曹溪，似乎并未待至六祖去世才离开。僧传云其“居曹溪数载，后遍寻名迹”，实践了其“今已得到，且无滞留”的主张。对于神会后半生的经历及贡献，前人论之已详，但神会后人及近代胡适等对神会的贡献和地位多有夸大，直认为神会是六祖嫡传弟子，甚至是《坛经》作者[18]，有违史实，不可不辨。神会后人尊之为七祖原不足怪，但其说未必出自六祖，亦未必得到南宗门下公认。关于神会为六祖嫡传的最重要的证据是所谓二十年预言。
据《敦煌新本六祖坛经》：
上座法海向前言：“大师，大师去后，衣法当付何人？”大师言：“法即付了，汝不须问。吾灭后二十余年，邪法缭乱，惑我宗旨。有人出来，不惜身命，定佛教是非，竖立宗旨，即是吾正法。衣不合传。”[19]
此二十年预言唯见于敦煌本《坛经》，其原型则是神会自造的四十年预言。
据《南阳和尚问答杂徵义》：
至先天二年八月三日，忽告门徒曰：“吾当大行矣。”弟子僧法海问曰（曰字衍）和上曰：“以后有相承者否？有此衣，何故不传？”和上谓曰：“汝今莫问，以后难起极盛，我缘此袈裟，几失身命，汝欲得知时，我灭度后四十年外，竖立宗者即是。”[20]
神会自以为是六祖嫡传，但却总是含糊其辞，不敢明说。“远法师问：‘能禅师已后，有传授人不？’答：‘有。’又问：‘传授者是谁？’和上答：‘已后应自知。’”[21]然其云“能禅师是的的相传付人。已下门徒道俗近有数万余人，无有一人敢滥开禅门。纵有一人得付嘱者，至今未说”[22]，显然仍在强调代付一人的传统，明言六祖确有付嘱弟子，但又不直说是谁。而其更说“菩提达摩南宗一门，天下更无人解。若有解者，我终不说”[23]，这就是说自己独得南宗法要，为六祖之嫡传，禅门之七祖，自有为天下学道者“定其旨见”的责任。
