神会其时年幼无知，于六祖之意未能领会，却答无住为本。然六祖自云“我此法门，从上以来，先立无念为宗，无相为体，无住为本”，为什么又不肯神会之说呢？六祖所说“无住为本”，乃此宗法门之本，虽然“无住者，人之本性”，但若只是认定无住即众生之本就会于无住而生执著，反成系缚。六祖所问的是众生之本而非教法之本，而众生之本是不可言说的。六祖发问实是一种诱导和启示，引导神会回向反思，开取自家宝藏，并不要求神会直接回答。神会不解祖意，开口便说，是以遭到呵斥。无住为本本身并无错误，但无住只是人之本性的一个方面，为佛性的一种体现，若认此为唯一根本，就大有问题。
神会又云见即是主，此与无住为本相联系，成为其最初且贯穿其一生的佛学思想。无住为本是讲体，见即是主是说用。神会以为，体本无住，故冥心虚寂，一念不起，虚寂之体即是真空；虚寂体上自生灵觉，智慧知解即是观照之用，大用现前便是妙有，此即所谓“真空为体，妙有为用”[11]。
神会的这一思想源自大乘中观派，强调体无用有。禅宗本来亦融合了中观派理论，六祖惠能因闻《金刚经》而悟道，并多次强调念摩诃般若波罗蜜。然此宗根源，在于萨婆多部以来的大乘有宗，特别是继承发展了其佛性如来藏思想，故虽然总合两宗，却是以有宗为体，空宗为用。惠能在受法五祖以前对般若空宗特有体会，但五祖对之不加深肯，云其亦未见性，就是因为其时他对禅宗宗旨还未能真正理解，后来他夜闻真法，方知自性是佛之旨。六祖自己经历过从空到有、一合空有的思想发展历程，故对神会大加斥责，促其反省，以使之更进一步，领会有宗一派体有用空的真旨。有宗以为，真如本体、佛性本源不动不变，不生不灭，一切具足，无欠无余，是为常恒不变之妙有，由此不动之体，现而为万象，起而为诸用，此等相用变化无方，并无自体，其性空无，故而为真空。是故同样说真空妙有，两宗义解有别。空宗强调体无用有，依无而有，由虚寂真空之本体而起灵智等妙用；有宗则强调体有用无，依有而无，由圆满具足之本体而起幻化之相用。有宗之说，如月映万川，由斯真实之一体而显种种幻象；空宗之说，如镜现众像，由空寂之一体而现有形之像。个中深意，原非十三岁童子所能知，故六祖不肯其说，更启大法，意其自知己过，再接再厉。
据《坛经》记载，神会见六祖不肯，意下不满，便反问六祖坐禅见与不见。神会年纪虽小，却颇为聪明，他给六祖设了一个圈套，禅定为体，由斯定体而生智慧知见之用，六祖若是答见，则神会见即是主之说，若答不见，则坠空寂，无有智慧。这当然难不住六祖，于是将计就计，以杖击之三下，问其痛与不痛。神会恐落边见，回答亦痛亦不痛，六祖故意说亦见亦不见。神会便问如何是亦见亦不见，想藉六祖答语来回护己说。六祖言道，我常见己过，不见人非，是以亦见亦不见，而你道亦痛亦不痛如何？若不痛，即同木石之无情；若痛，即与凡夫无别，会生起恚恨之心。见不见是两边，痛不痛是生灭，俱不可取，你不见自性，自己心迷，竟敢戏弄别人！神会礼拜谢过。六祖又道，你若心迷，应虚心求教；你若心悟，即自见自修。汝心自迷，却来问我见与不见，我见不代你迷，你见亦不代我迷，何不返向自见，却来管我之迷悟。神会百拜忏谢，从此留作侍者，不离左右。
