第二，抚州西里山时期。这一时期明确来此的弟子是超岸，而且他可能是最早的。据上文，这一时期的门人还有智藏，唐枝《碑铭》称“年十三，首事大寂于临川西里山，又七年，遂授之法”，亦明言他至西里山投师，不过却说是十三岁始至，与僧传、灯录不同，如此他天宝九载（750）才到抚州，这样马祖在西里山至少住止八年。《碑铭》又言“又七年，始授之法”，就是说又过了七年，才授以大法，这表明智藏20岁时才成熟起来，成为马祖的得力弟子。这是否暗示至德二年（757）智藏20岁时马祖开始移居到南方的龚公山，在智藏的家乡弘法，以使其发挥更大的作用呢？石巩慧藏很可能属于这一时期的门人，他本抚州人，因打猎追逐群鹿从马祖庵前过，受其启发，归入门下。后来他又问西堂智藏如何捉虚空，西堂称其为师兄，故他可能先于西堂入门。另外，大珠慧海在马祖门下地位很高，马祖《塔铭》首列其名，而《传灯录》称其“初至江西参马祖”[18]，此中江西应当是对整个江南西道的略称，包括抚州，并非专门指洪州，故他也有可能是于此时入门。智藏所称的“海兄”不是指怀海，而是指慧海，怀海不论年龄还是当时地位都不足以受此尊称，慧海则年资在智藏之上，在很多时候排名都列第一。这一时期始于天宝二年（743），何时结束则不易判定，至少是在天宝九载（750）之后。
马祖在西里山尽管可能住止十余年，但在弘法的角度来说，并不算特别成功。据现有资料，明确于此时来投的弟子只有西堂智藏和超岸，最多还能加上石巩慧藏，超岸于后世无甚影响，虽然智藏和慧藏都是一代大师，但数量毕竟少了些，这可能也是马祖后来下决心南下龚公山的原因之一。
第三，南康龚公山时期。
从佛迹岭到抚州很近，首次迁移可能是为了更好地安顿首批弟子，故而移入经济发达一些的江西。马祖从抚州南下南康的原因不明，或许和始于天宝末年的安史之乱有关。另外，其得力弟子智藏为南康郡虔化人，智藏后来还在此长期弘法，这或许是原因之一。
这一时期的门人有伏牛山自在（741—821）、鄂州无等（749—830）、盐官齐安（约750—842）、百丈怀海（749—814）、药山惟俨（745—828）等。据僧传本传，自在先从径山道钦出家，于新定受戒后于诸方参学，从南康道一禅师法席，如此其始到龚公山当在上元元年（760）后。
据《宋高僧传》卷十一《唐鄂州大寂院无等传》：
释无等，姓李氏，今东京尉氏人也。负志卓荦，辞气贞正。少随父官于南康，频游梵刹，向僧瞻像，往即忘归。既作沙门，遇道一禅师在龚公山，学侣蚁慕。等求法于其间，挺然出类。[19]
无等少时即随父到南康，且幼慕佛化，故其出家当在早年。其遇道一于龚公山，或当在其十岁左右，即约乾元元年（758）时，而此时龚公山已是“学侣蚁慕”、门庭隆盛的景象，这显然不同于初期“峰岫间魑魅丛居，人莫敢近，犯之者炎衅立生”[20]的旧貌了。因而马祖最初行化龚公山可能是在安史之乱后，这是能够加以推测的最早时间。
据卢简求《杭州盐官县海昌院禅门大师碑》，“元和末，师春秋已逾七十矣”，如此其生年当在天宝十载（751）前。齐安幼年好佛，当年受具，“后闻南康之龚工山大寂大师，随化度人。慈缘幽感，裹足振锡，不日而至”[21]。如此他应当在二十岁后到达南康，时间最早是在大历初年。应该说，齐安前来时已经到了马祖龚公山传法的末期。
百丈怀海（749—814）也是属于这一时期。据《景德传灯录》卷六：
洪州百丈山怀海禅师者，福州长乐人也。丱岁离尘，三学该练。属大寂阐化南康，乃倾心依附。与西堂智藏禅师同号入室，时二大士为角立焉。[22]
又据《宋高僧传》卷十《唐新吴百丈山怀海传》：
