如此曹溪原本第一部分，即前五门，为六祖亲述，法海集记，此本所述最为翔实，错失最少，是最好的记录本。第二部分，即后五门，为法海、令韬两人编著。敦煌本、两卷本（惠昕本）亦有但较略的南北顿渐、法门对示等可能为法海记录整理而成，故也为其他弟子（如神会）所录。他本所无的参请机缘、唐朝征召可能是令韬后来编著的，其他大弟子皆已离开曹溪，故不得见。付嘱流通比较复杂，可能先经法海编撰，后又经令韬改编补充。
参请机缘收录了法海、法达、智常、志道、行思、怀让、玄觉、智隍、玄策等诸大弟子的史事，还讲到了得法后遇刘志略及无尽藏和六祖晚年收弟子方辨等事。此门将法海列为诸弟子之首，显然并非法海所著，而且其中讲诸弟子时提及六祖身后时事，显然是后来编著的。法海是受命于六祖分化一方的十弟子之首，六祖灭度后即离开曹溪，不可能留下来编著此门，分化各地的弟子都会将情况告知祖庭，有关六祖及其弟子的记载此处也应最多、最可靠，故令韬得到的材料最翔实，具有编订《坛经》的便利条件。唐朝征召与后面的附记相应，附记中的一部分是征召的补充，因此这一部分也是令韬所著。曹溪祖庭必然保存着诏书原文及有关此事的详细记载，故只有令韬才最有条件编写此门。
曹溪原本其他门也经令韬改编、订补过，如南北顿渐门讲到神会天宝中大弘顿教、著《显宗记》，此事显然是由令韬补充的。此本由令韬编著的一个重要证据便是无一字提及令韬本人，其他主要弟子则皆有著录。但正文中并非与令韬毫无关系，如付嘱流通末有“主塔侍者尸之”之语，这个主塔侍者显然是指令韬，附记后题“守塔沙门令韬录”便是明证。这表明令韬是很谦逊的，也表明令韬当了不少年的六祖侍者，《传灯录》云其“依六祖出家，未尝离左右”与之可以互证，由此可知付嘱流通门也是经令韬编订过的。
从曹溪原本附记来看，此本虽在令韬生前业已定稿，但又经其门人改订过，其中的七十年预言便显然是后来混入的。曹溪原本称六祖“又云：‘吾去七十年，有二菩萨从东方来，一出家，一在家，同时兴化，建立吾宗，缔辑伽蓝，昌隆法嗣’”，这一“又云”显然是后来伪作的。因为这一预言是讲法传何人的，前文明言“有道者得，无心者通”，可见六祖并未肯定是哪些人得法，而此一“又云”列于“后莫有难否”之问后，菩萨东来怎么能是“难”呢？可见伪作者并未细思便将此预言插入本文中，结果不伦不类。其他如“汝去三年，吾方逝世”与二十四岁说不合，也是后人衍入。
通过对敦煌本和曹溪原本的考证，可以进一步来看与二者都有关的两卷本（惠昕本）。一般都把两卷本称为惠昕本，因为兴圣寺本前有序，题为“依真小师邕州罗秀山惠进禅院沙门惠昕述”，但一旦细究此本前面的《序》和《记》，便可发现这种说法仍有问题。
其《序》云：
原夫真如佛性……见性之人，虽处人伦，其心自在，无所惑乱矣……古本文繁，披览之徒，初忻后厌。余以太岁丁卯，月在蕤宾，二十三日辛亥，于思迎塔院，分为两卷，凡十一门，贵接后来同见佛性者。
下面紧接着是晁子健的《记》：
子健被旨入蜀，回至荆南，于族叔公祖位见七世祖文元公所观写本《六祖坛经》。后题云：“时年八十一，第十六次看过。”……冠岁遇高士刘惟一，访以生死之事，刘曰：“人常不死。”公骇之，刘曰：“形死性不死。”公始寤其说。自兹留意禅观，老而弥笃。……绍兴二十三年六月二十日右奉议郎权通判蕲州军州事晁子健谨记。
真福寺本前面有《韶州曹溪山六祖坛经序》，同样题为“依真小师邕州罗秀山慧进禅院沙门惠昕述”，除个别文字外，与兴圣寺本内容一样。后面又有大中祥符五年（1012）周希古《后叙》。
