神会是南宗战胜北宗的先锋和大功臣，故敦煌本有二十年预言，以神会为六祖传人，这也表明此本确实经神会门下改订过。敦煌本的原本应是神会在六祖卒后自曹溪带到北方的，此时当然无二十年预言。神会到曹溪时间虽早，但居留时间不长，《宋高僧传》云其“居曹溪数载”较为可靠。神会第一次至曹溪时年纪尚幼，所得必然有限，他真正的“闻道”应在景龙年间（707—709）至六祖灭度之间。因此他在六祖门下资历不深，年龄不大，故六祖称之为“小师”。他第一次到曹溪大约在万岁通天元年（696），六祖大梵寺说法时他还未曾出生，故不得亲闻，他所得的写本自然来自于先至的同门师兄，此写本不一定是法海的集记本。
敦煌本后一部分可能与神会有关，其中涉及他本人的部分很清楚，问惠能坐禅见与不见当是第一次至曹溪时之事，法门对示中述十弟子时将神会列为最后一位便是一证。这一部分的简略便是由于神会对六祖史事所知不全而致，中宗征召在景龙前，参请机缘涉及的许多人神会并不知道（行思、玄觉等已经离去），故无此二门，而是在南北二宗部分中掺杂了他所知的数人之事。然最后付嘱流通部分所述与《神会语录》相违，表明这一部分肯定不是神会所编。这一部分显然经过神会门下的改订，证据便是二十年预言，其谓：“吾灭后二十余年，邪法遼乱，惑我宗旨，有人出来，不惜身命，第佛教是非，竖立宗旨，即是吾正法，衣不合转。”此预言必非出自六祖，因为他决不会称神秀所传为“邪法”。其或出于神会暗示，由其门下编造，添加到《坛经》中去。从此预言及后面的传承来看，敦煌本的最后订正最早也在神会卒后。
曹溪原本是诸本中内容最详、文字最好的版本，但也由此被认为是后人的改订本。曹溪原本是北宋契嵩发现的，并重加校订刊行，故又被称为契嵩本。契嵩原刊本现已不存，一般认为现存本中题为曹溪原本的明藏成化本最为接近契嵩本的原貌，也有学者认为德异本有可能就是契嵩本，由于两种版本正文内容完全一样，因此二说事实上并无太大差异。德异本前附法海《略序》，后有令韬附录，这种编排应该是契嵩本的原貌，现存曹溪原本即成化本的再刊本中只有御制序，没有《略序》，后面虽有附录，却没有“守塔沙门令韬录”的题名，可能是赵玉芝“重加编录”所致。
胡适等认为曹溪原本为契嵩伪作，是依《别传》、两卷本（惠昕本）对敦煌本修改增订而成的。这种说法殊无根据，而言此本并非契嵩改订却有有力的证据。契嵩是至和三年（1056）前发现曹溪原本的，而他又于嘉祐六年（1061）完成了《传法正宗记》，比较此两书，可以发现关于六祖的说法有明显的不同，可见非出于一人。
如《传法正宗记》云惠能三十二（应为三十三）岁咸亨年间至黄梅，这与曹溪原本二十四岁龙朔元年至黄梅的说法根本不同。又在弘忍传中称“客有卢居士者，自称慧能”，这显然不同于《略序》“上惠下能”之说。还认为遇刘志略在得法之前，与曹溪原本恰恰相反。这充分表明契嵩虽然发现了曹溪原本，但对其是否真为可靠的古本并不肯定，对法海《略序》的可靠性更是怀疑。故他著《传法正宗记》时采用了《祖堂集》和《宋高僧传》的说法，并不完全依据曹溪原本，特别是在一些关键问题上。
契嵩未改订曹溪原本的另一证据是，对曹溪原本中自相矛盾之处（如“汝去三年，吾方逝世”与二十四岁至黄梅说）并未改正，而是仍存其旧。这表明契嵩并非胡适所言的妄改《坛经》的狂徒，而是谨慎地传布自己有疑的曹溪原本，不敢妄动一字，表明了他对《坛经》的虔诚而又严肃的态度。
