由于近年来发现了日本真福寺本，前面有惠昕序，其后附有宋周希古《六祖坛经后叙》，此本仍为两卷十一门本，于是学者多谓“周希復有序”应作“周希古有后序”，是故对晁公武之说彻底否定，道是惠昕实为宋人，三卷十六门亦是有误。晁公武称惠昕为唐人，必有根据，或者是在题名前有“唐”字，或者是根据周希復的序判定其为唐人。“三”与“二”固然容易出错，“六”与“一”则不易相混，十六门很难说误作十一门。周希復是为唐朝的三卷十六门本作序，周希古则是为宋代的两卷十一门本作序，周希復既有可能是唐人，也可能是后世的人，周希古则肯定是北宋时人，二者根本不是同一人，至于两人名字前两个字一样，则可能只是巧合。晁公武作“周希復有序”，马端临则转录为“周希後有序”，胡适已经指出，“後”是“復”之伪，因为二者形近，而“古”与之相去甚远，不可能弄错。若作“周希古有后序”，则增了两字，其根据恐怕不大好找。晁公武肯定是看到了当时尚在的三卷（或二卷）十六门的唐惠昕本，故予收录，他没有作伪的必要。
日僧永超在宽治八年（1094）所编《东域传灯目录》中载有《六祖坛经》二卷，并注云：“惠能作。疑惠能资惠忻（昕）作欤？又下卷可（当作“何”）惠昕云云。”此处所述大概是惠昕本的原貌，其原名为《六祖坛经》，分上下二卷。永超所录不知何时传到日本，既与圆仁请来的禅宗典籍列在一块，也有可能是唐末请来。永超看到的本子远在晁公武之前，因而可能原来就是两卷，“二”与“三”容易出错，且袁州本也作二卷。古人分卷比较随意，并无固定的字数限制，二卷与三卷甚至一卷，在内容上可能完全一样，然十六门明显比十一门内容多，这是不容忽视的。其中下卷有“惠昕云云”之句，表明惠昕确实对之进行了大量的编撰，并有不少“惠昕云”之类的原话，乃至永超怀疑这是惠能授意惠昕之作。大概惠昕相当大胆，对古传《坛经》进行了大量的补充，并将自己的理解加进去，每每有“惠昕云”之语，使之变成两卷十六门，而且公然称是自己之作，以“述”名之，这就是永超怀疑惠昕受命于六祖本人而作、晁公武直言“惠昕撰”的原因。现存的各种两卷十一门本都没有“惠昕云”之字样，因而不属于永超所见的惠昕本。
永超的怀疑属于“大胆假设”，各种史料都未记载六祖有一名叫惠昕的弟子，“依真小师”只是惠昕自己的谦称，他未必当过六祖的侍者（小师），六祖不可能授意惠昕编著《坛经》。从惠昕本的节略本即两卷十一门本末后的题记来看，此本《坛经》同样号称出自法海，由法海传同学志道，志道传彼岸，彼岸传悟真，悟真传圆会，其中没有惠昕之名。惠昕虽属唐人，但恐怕至少也在圆会之后，为晚唐时人。不过永超的怀疑也在明确地暗示他的观点，即惠昕确实是唐人。
胡适晚年的《读书随笔》中有《附记兴福寺永超〈东域传灯目录〉里的南宗资料》一篇，谓“这里记的《六祖坛经》乃是北宋初年的惠昕分两卷本。故永超有‘疑惠能资惠昕作欤’的疑问。‘资’即‘师资’的资，即是弟子。此语的意思是‘疑是惠能的弟子惠昕作的罢？’下文又说‘又下卷可（有）惠昕云云”[4]。胡适以为永超认为惠昕是惠能的弟子，这也表明永超认为惠昕不仅是唐人，还可能是惠能亲传弟子。
综上所述，惠昕本是由唐朝人惠昕编订的三卷（或二卷）十六门本，为一“文繁”的“古本”，其中（卷下）有大量的惠昕本人的评语或注释，明确称为“惠昕云”。现存的两卷十一门是在宋初由惠昕原本删节改编而成，属于惠昕本系统，然并非原本。
如此此《序》非出于惠昕，两卷十一门本亦非惠昕本，那么谁是此《序》和两卷本的编者呢？
兴圣寺本将《序》与晁子健《记》抄在一起，不分节段，可见原书二者是相互关联的。《记》中载晁迥冠岁遇高士刘惟一事，并云其自是留意禅观，可见刘惟一是晁迥研习佛教的引路人。此事可能是晁子健在晁迥所观写本上发现的，或见于晁迥他书的记载。晁迥单记此事、晁子健独提此事一定有其缘由。晁迥冠岁时为宋开宝三年（970），他所观写本《坛经》可能就是此时刘惟一相赠的。此距乾德五年（967）只有三年，因此两卷本的编者可能就是刘惟一。《序》中“见性之人，虽处人伦，其心自在”等语颇合身处人伦的居士的口气，而所谓“形死性不死”即是慧忠国师所呵的“半生灭半不生灭”，表明他对六祖真意并无太深的理解。即使此本非刘惟一之作，其作者也肯定与之有关系，不然成书不久的两卷本不可能很快即落入其手。
《序》中又云“古本文繁”，为使学者披览方便，将之改为两卷十一门本。此“古本”必非敦煌本，因为删改后的两卷本较前本还多约两千字，不是更“繁”了吗？当然“繁”还有“繁杂”之意，但德异《序》中有“惜乎坛经为人节略太多”之语，宗宝《跋》中有“续见三本不同……略者详之”句，可见元朝时尚知两卷本为节略本。又两卷本前题为惠昕述，《序》后又无题名，而晁氏《郡斋读书志》明言尚有三卷十六门的唐惠昕本，表明两卷十一门本是由三卷十六门的惠昕本删节而成的。大概作者觉得惠昕将己意加入《坛经》，颇为不伦，而且这样增加了大量的篇幅，加重了读者的负担，故将含有“惠昕云”的五门删去，变成两卷十一门本。作者认为此本只是惠昕本的简本，故仍保留了惠昕原来的题名，他也并不认为自己所做有多少开创性，故在《序》中隐去了姓名。但两卷本内容、体例与敦煌本接近，而与曹溪原本差别较大，因此所谓古本实际上有两种，“繁”兼摄“繁多”与“繁杂”两义。两卷本事实上是依据敦煌本删减惠昕本的，试图兼取敦煌本文简与惠昕本义丰的优点，而去其义理“繁杂”与文字“繁多”之缺失。
那么三卷十六门的惠昕本为何后来不见流传呢？这可能有多种原因，一是由于其节略本大量流行，被翻刻成多种本子，使得真正的惠昕本反不常见。二是可能与契嵩发现曹溪原本并使之大量流行有关。惠昕本虽然较敦煌本内容丰富，但与曹溪原本相比可能还是有所不足，从其节略本的内容来看，几乎毫无超出曹溪原本之处。值得注意的是，郎简《序》中提及曹溪原本也是三卷。今对照两卷本与曹溪原本节目，可知从曹溪原本中可分出十六门来。两卷本为十一门，曹溪原本较之多出参请机缘、唐朝征召两门；最后一门曹溪原本作法门对示、付嘱流通两门，又多出一门；此外付嘱流通门较长，还可分为临终付嘱、六祖灭度、法宝流通三门，如此曹溪原本十门又可细分为十六门。因此曹溪原本基本上包含了惠昕本的全部内容，故它流行之后惠昕本便渐渐绝迹了。
《坛经》可分为曹溪原本、惠昕本、敦煌本三大系统。杨曾文有《坛经》演变示意图，今参照之图示如下：
[1] 杨曾文：《新版敦煌新本六祖坛经》，307页，北京，宗教文化出版社，2001。
[2] ［韩］崔柄宪：《双溪寺记中六祖惠能的传说》，见《佛光山国际禅学会议实录》，401～402页。
[3] ［日］柳田圣山主编：《胡适禅学案》，305～306页，台北，正中书局，1975。
[4] ［日］柳田圣山主编：《胡适禅学案》，457页，东京，日本中文出版社，1981。
