《坛经》是研究六祖思想的主要材料，但因其版本较多，众说纷纭，使人莫知所从。又一般认为《坛经》乃六祖所说、法海集记，但自胡适著《荷泽大师神会传》等，标立新说，认为《坛经》乃是神会杰作以来，又起纷争，为《坛经》研究提出了新的课题。此部分即试图从《坛经》几种主要版本的考证探究有关《坛经》的一些主要问题，以期得到对之较为准确的理解。
《坛经》版本中具有独立价值的是敦煌本、两卷本（即所谓惠昕本）和曹溪原本（契嵩本），宗宝本依曹溪原本而成，与之类似，德异本更是曹溪原本的翻版。其中以敦煌本和曹溪原本的价值最大，两卷本是二者的折中。下面即通过对这几个主要版本的研究考证《坛经》的作者、时间、流传等问题。
依诸本所述，《坛经》可分为两个部分。第一部分是六祖在大梵寺所说法，由法海记录整理，这是其主体，因为是六祖亲说，故价值最大。第二部分是记载六祖行化及灭度等史事的，其中也有六祖语录，这一部分并非全是六祖自说，而是由门人编著的，法海是主要编著者。关于第一部分，诸本内容基本一致，唯敦煌本较略，两卷本（惠昕本）、曹溪原本较详，应当说确实是六祖大梵寺说法的记录，只是详略有异、抄本不一而已。第一部分在两卷本（惠昕本）为一缘起说法门，二悟法传衣门，三为时众说定慧门，四教授坐禅门，五说传香忏悔发愿门，六说一体三身门，七说摩诃般若波罗密门，八问答功德及西方相状门；在曹溪原本为悟法传衣第一，释功德净土第二，定慧一体第三，教授坐禅第四，传香忏悔第五。这一部分次第分明，内容连贯，涉及了禅、教、净土诸方面，全面系统地体现了六祖“自性是佛”的宗旨，也是《坛经》的第一本和后来诸本的底本。这一底本可能是经六祖首可并订正的，诸本中皆有“流传坛经”等语，大概多指此底本，这也表明确实有一本六祖亲述的《坛经》，并非都是后人的伪作或妄改之书。
第二部分在两卷本（惠昕本）为九诸宗难问门，十南北二宗见性门，十一教示十僧传法门；在曹溪原本为参请机缘第六，南北顿渐第七，唐朝征召第八，法门对示第九，付嘱流通第十。这一部分敦煌本、两卷本（惠昕本）、曹溪原本的差别较大，原本比前两本多了参请机缘和唐朝征召两门，从内容上比前两本详细得多，但这一部分既非六祖亲述，门下皆有根据自己所知编著订补的权力，故详略虽异，却不能以此定前后真伪。
敦煌本一般被认为是最早的版本，出现于中唐。此本题为“南宗顿教最上大乘摩诃般若波罗蜜经、六祖惠能大师于韶州大梵寺施法坛经一卷、兼受无相戒、弘法弟子法海集记”，从内容上看以上述底本为主，第二部分较为简略，故此本只有约一万二千字，文字最少。今见的抄本文字多有错讹脱落之处，内容也混杂不堪，不大连贯，可能是此本最糟糕的抄本。但不少学者反而由此认定此本是最早的本子，其逻辑是文字越简单、内容越烦杂，便愈是早出，反之文字越好、内容越详便越是后人突发窜改之作，这种看法恐怕有失偏颇。敦煌本的错失还可能是由于记录不完善、抄写者所见的底本是一简本、并且抄写者水平不高所致。如果把这一错误百出的本子当作六祖《坛经》的原本，那么六祖的宗旨便大可怀疑了，禅宗后来几乎一统天下的盛势便很难解释了。
