《证道歌》所包含的禅学思想与六祖南宗一致，更与玄觉参见六祖时的问答有密切的关系。六祖曾云“我此法门，从上以来，皆立无念为宗，无相为体，无住为本”，心自无念，法本无相，无念无相，故身心自在，出入无碍，自由自如。《证道歌》云“谁无念，谁无生，若实无生无不生”“不求真，不断妄，了知二法空无相”，反映了其无念无相的思想，而其“常独行，常独步”“大悟不拘于小节”等更显示了无所执著、潇洒自如的精神。强调顿悟是南宗的风格，《证道歌》中则多处提及顿悟，如云“顿觉了，如来禅”“自从顿悟了无生”“弹指圆成八万门，刹那灭却三袛劫”“是则龙女顿成佛”“维摩大士顿除疑”等。《证道歌》在细微之处亦与《坛经》一致，如云“有人问我解何宗，报道摩诃般若力”与六祖于大梵寺说法时强调念摩诃般若波罗蜜有关，“行亦禅，坐亦禅，语默动静体安然”说明心体安然即是禅定，不必拘于形式，与六祖禅法一致。“觉即了，不施功，一切有为法不同。住相布施生天福，犹如仰箭射虚空”，参看《坛经·疑问品》六祖答韦刺史达摩见梁武帝因缘，可知六祖云武帝布施设斋为有为之法，只是修福，无有功德的思想在《证道歌》中得到了充分的体现。“宗亦通，说亦通，定慧圆明不滞空”反映了禅宗对《楞伽经》宗通说通思想的继承，如同《坛经》所说“说通”与“心通”（宗通）。
《证道歌》中多处提及曹溪，足见其与六祖一派的关系。其中“一性圆通一切性，一法遍含一切法。一月普现一切水，一切水月一月摄”，显然来自华严宗及天台宗的圆融思想。其中又两次提及“圆顿教”，显然是对天台宗判教思想的发展，表明作者与天台宗确有关系。更值得注意的是，《证道歌》的根本思想与玄觉和六祖的问答完全一致，说明玄觉拜见六祖一事绝非虚言。
《祖堂集》之《玄觉和尚》说得很详细：
