玄觉有《永嘉集》一卷传世，收其文章十篇，为唐庆州（甘肃庆阳）刺史魏静所辑，圆珍所录“永嘉大师集一卷”即此也。然《永嘉集》中未收《证道歌》，为后世留下一件疑案。或据此怀疑《永嘉集》是伪作，或由是认定《证道歌》为乌有。然就实论之，这两种观点都有问题。《永嘉集》未收录《证道歌》，或许一是由于编辑文体所限，《永嘉集》所收是玄觉弘法宣教的文章，属于正式的文字著作，《证道歌》不属此类，玄觉另有“歌行偈颂”传世，“皆是其姊集也”（见《祖堂集》），用于传唱歌咏，广为流行，《证道歌》或许还有《佛性歌》皆属此类；二是因为《证道歌》为玄觉晚年之作，魏静可能未及与闻。
魏静《永嘉集序》：
《永嘉集》与《证道歌》在思想上距离很大，是以许多人怀疑二者为一人之作。从《永嘉集》及魏静《序》中看不到任何玄觉受教于六祖的迹象，而《证道歌》中则多处明示其得法于曹溪，这或许表示魏静离去时玄觉尚未拜会六祖，故其所编《永嘉集》未收玄觉晚年所著的《证道歌》，也不知后来玄觉得法曹溪之事。玄觉早年游心三藏，遍习诸宗，精天台止观法门，这在魏静《序》及《永嘉集》中得到了充分的反映。杜继文先生认为“总观玄觉的禅思想，主要是在地论师禅观的基础上，杂糅天台、华严、法相、三论等各个教门的理论与方法”[3]，颇有道理。但从中很难发现与禅宗有何关系，表明其时玄觉确未礼拜六祖。玄觉前后思想差别较大，易使后人生疑。《永嘉集》与《证道歌》分别代表他前期与后期的思想，故其间颇有距离，更使后人议论不休。但玄策认为玄觉出言暗合诸祖亦并非虚言，如“烦恼无可舍，菩提无可取”与《证道歌》中“不求真，不断妄”的思想一致，亦与禅宗宗旨相合。又“释动求静者，憎枷爱杻也；离怨求亲者，厌槛欣笼也”与“弃有著空病亦然，还如避溺而投火”其理无二。由此可知二者尽管有一定距离，其间的联系和连续性还是可以察觉的，不能因其有距离而轻易否定其为一人之作。
胡适云《证道歌》向来无人怀疑也不准确，其实天台宗人对之早就颇有微词。宋人志磐在《佛祖统记》卷十中就引述诸家之言对之大加批评，如云因草庵言魏靖编《永嘉集》，连《致友人书》都收入其中，唯独不取《证道歌》，这是为什么呢？言外之意是说其为后人伪作，故魏靖无缘收录。又对《证道歌》之名大加攻击，认为道之一字，藏通别圆四教之所不取，其非永明所谓天魔外道乎！[4]讥之以伪妄，斥之为外道，其见责不可谓不深。为什么台家后人对《证道歌》如此不满呢？义神智一语道破天机，言道所谓“讨疏寻经论”者，寻觅讨取，自生分别，经论何过，又称疏其慈恩之疏乎，慈恩之疏，有教无证，散漫难统，故有此过，若台家之疏，观行一体，教证相辅，并无此病。原来台家所不满的是“吾早年来积学问，亦曾讨疏寻经论。分别名相不知休，入海算沙徒自困”之句，玄觉早年厕身台宗，故后世将玄觉的自我反省视为对己宗的批评，感到无法容忍，但他们又不愿对曾列天台门墙并与左溪尊者为友的前辈公开批评，只好以《证道歌》“辞旨乖戾”、并非真作为借口进行反击，从而对之彻底否定。台家对《证道歌》不能容忍不单是由于其中对己宗有所批评，其实《致友人书》指斥玄朗滞于山林，“心径未通”，言辞更为明白，语气更为激烈，台家反而以其示“喧不在市，寂不在山”之理大加赞赏，以为时人称美。这是由于玄觉致书玄朗之时尚在早年，未曾礼拜六祖，故其对玄朗的批评也是同门之间的相互激励，后世虽间有“达者韪之”，但总的来说，天台后人并不过分以之为忤，而对离开天台、改投禅宗的玄觉则很不客气，这主要是出于门户之见，绝非真正怀疑《证道歌》为玄觉之作。后世学人对台家的良苦用心缺乏理解，未加深思便随声附和，实不足取。
