涅槃佛性说旨在从当果意义上说明众生成佛的可能性问题，但这种可能性只是一种潜在的可能，是寄托于未来的一种希望，是缺乏说服力的，因为它并未说明众生现有的成佛根据和内在的解脱之因。为了解决这一问题，如来藏思想便应运而生，接应并取代了涅槃佛性说。涅槃佛性只是当有的未来的可能性，如来藏则是本有的现在的实体，是众生身中本具的善净如来。众生身中自有如来宝藏，因此解脱成佛是完全可能的，这是一种现实的可能性。这种如来藏现存于众生身中，虽然众生自己用肉眼不能发现，但佛通过天眼可以现见如来在众生身中跏趺而坐，俨然不动，因此成佛不是虚幻的许诺，不是对未来的遥远的期望，而是在现世通过自己的努力就可以达到的目标。这一理论相应也指出了解脱成佛的方法和方向。由于佛在自身之中，成佛自然不必外求，通过清理自身的烦恼外壳，发掘出内在的如来宝藏就可以见性（见自身中之佛性）成佛。这一思想对后世禅宗有很大影响，所谓“自性是佛，不须外求”即源于此。
如来藏思想比较完善地解决了成佛的可能性问题，说明众生身中有佛，自身具有成佛的内在根据。一旦成佛的可能性问题得以解决，如何将这种可能性转化为现实性的问题亦即如何成佛——成佛的方法问题就成为首要问题。如何成佛既是可能性向现实性转化时期的重要问题，又是一个贯穿于佛教发展全过程之中的普遍问题。因为无论在解脱的必要性时期，还是在解脱的可能性时期，都同样涉及解脱的方法问题。离染向净（小乘厌世离染、大乘念佛向净）是解脱必要性时期的主要方法，解脱可能性时期的主要方法是除染布净（除自身染、布自身净），如何解脱时期的方法则是比较复杂的。如来藏系经典强调成佛的可能性，故多述染中之净，言如来藏为根本、为果实、为实体，烦恼妄识不过是末枝、外壳、现象，如来藏常恒不变，一切具足，烦恼妄识则虚妄无实，没有自性。故对如来藏的体性、功德多有论述，而对烦恼妄识却泛泛而论，给人的感觉是众生身同如来，净法满足，烦恼外衣简直是一层薄皮，不值一提，这对于鼓起众生的自信心，相信自己确能成佛很有意义，但一旦面临如何解脱、如何对治烦恼的问题时，这种对烦恼的泛泛之论就无法面对现实了。因此对烦恼妄识进行深入的探索就成为迫切的需要了。
源于如来藏体系的唯识思想应运而生，对这一问题进行了回答。唯识思想发源于如来藏思想，其侧重点由对清净真觉的如来藏的描述转移到了对与之相对应的杂染迷惑的妄识的探讨，由对智的发掘发展到对识的研究，从而逐步建立起以八识为中心的唯识理论。《解深密经》即是发展了原来的心、意、识理论而在六识之外另立阿梨耶识、阿陀那识，从而为完善的八识说奠定了基础。所谓“深密”，即对心意识的深密含义的解释。在此经中，阿梨耶识、阿陀那识、心为同体异名，阿陀那识执持于身，阿梨耶识与身识一体相应，同安共危，心能增长色声香味触法。阿陀那识为依止，能够建立六识。从中可以发现阿梨耶识与阿陀那识具有不同的作用和意义，前者近第八识，后者近第七识，但在此经中只是一识之不同作用，并未明确分为二识。此经又立三性三无性义，为唯识学说的确立建立了基础。唯识理论着重分析烦恼妄识的种类和体性，目的在于对治烦恼，通过熏习转染成净，转识成智，从而达到清净觉悟的状态，解脱成佛。但唯识一系在分析对治烦恼妄识时，又有偏离如来藏体系、重染轻净、似乎八识唯是杂染的倾向，这与其所源自的如来藏理论自然产生矛盾。而继《解深密经》而起的《楞伽经》则避免了这种偏差，在发展唯识学说的同时又使这与原本的如来藏思想相应，从而将二者统一起来。
《楞伽经》有宋译、魏译、唐译三个译本，其要义是强调各种学说之间的相互融通。它一方面立第七末那识，完善了八识学说，一方面又强调阿梨耶识与如来藏的联系，将二者视为一体。如来藏本是纯净的，阿梨耶识则是杂染之本，为了使二者沟通起来，阿梨耶识也就具有了一分清净，为染净依，但不生不死的如来藏是不具杂染的。因此强把二者（染净各别）合为一体就会带来许多理论上的矛盾，因为阿梨耶识无论如何不可视为纯然清净、不生不灭的实在，如来藏也不能当成具有一分杂染的实体，二者若混而为一，就失去了转染成净的根本。后起的《摄大乘论》（无著）注意到了这一问题，于是在八识之外另立第九识（阿摩罗识）作为真净识以取代如来藏。如此八识为杂染，九识为清净，解脱成佛即是转染成净，在唯识体系自身有一阿摩罗识作为净依，自然就不必与如来藏体系发生关系。
唯识家对烦恼识种研究颇深，其学说也极为精细。正由于此，其学风也渐渐由瑜伽派的实修转为唯识家的研理，故后世唯识学者述理者多，证果者少，转为义学一派。其转染成净的解脱方法也大多沦为纸上谈兵，难得实行。因此，如何将成佛的可能性转变为现实性的具体解脱方法成了当时佛教信众的迫切需要，在这一时代背景下，菩提达摩杖锡东来，开创了中国禅宗，并带来了最高明的最上乘禅法。
[1] 大正藏，12册，769页上。
