《起信论》在述及染净重习时又有所创见，对于原来如来藏的寂灭无为有所不满，特赋予真如净法以熏习无明染法的净熏功用。事实上，由于真如已与正智合为一体，自然具备了能熏的能动性，已不同于一般所说的寂灭为性的真如。真如为净法，净法唯一，无明为染因，由无明染熏次第而生妄心业识，由妄心又生妄境界六尘。真如净法常住不变，无明染因虽然能熏习真如，却不能丝毫改变真如净性，只是使之外现染相而已，不能损减真如实体。真如净法熏习无明，由于无明虚妄无体，没有自性，久远熏习能令无明渐减渐灭，从而断除烦恼，进入涅槃。染净互熏只是覆障与灭除的关系，真如除灭无明，无明覆障真如，但二者并不相应相杂，无明不能改变真如净性，真如亦不能改变无明染性。在这一方面，《起信论》完全站在如来藏思想的立场上，而与唯识系之转染成净不同。
关于染净熏习问题，还可以追溯到部派佛教时期，大众部（分别论者）与萨婆多部对此各执己见，大众部执心性本净，客尘烦恼所染污故，相不清净，有部则表示反对。于是便有学者误认为有部反对心性本净说，其实有部反对的不是心性本净，而是客尘烦恼能够染污本心这种异见。有部认为客尘烦恼不与本心相应相杂，亦不能改变本心的净性，烦恼只能覆障本心，不能染污本心，并非本净之心，因客尘烦恼染污而成为染心，去掉烦恼后又变成净心，而是心性常净，不受染污。有部又引契经说明此义：“世尊亦说，比丘当知，此日月轮，五翳所翳，不明不照不广不净……如日月轮，非与五翳相合相应相杂，彼翳未离，此日月轮不明不照不广不净，彼翳若离，此日月轮明照广净。如是非此心与贪瞋痴相合相应相杂，而贪瞋痴未断心不解脱，贪瞋痴断心便解脱。”[20]此心本来解脱如日月轮恒常明净，烦恼五翳丝毫不能改变此心的净性，染净二法本不相应，亦不会相杂相合。这一思想至后世发展为如来藏理论，亦影响了《起信论》。
《起信论》在许多方面受《宝性论》的影响，在讲到染净熏习时更为明显。《宝性论》以自性清净心、不正思维、业烦恼、阴界入为四法，以虚空、风、水、地四大为喻，《起信论》之四法与此一致。又《宝性论》引《胜鬘经》云：“世尊，依如来藏故有生死，依如来藏故证涅槃。世尊，若无如来藏者，不得厌苦乐，求涅槃，不欲涅槃，不愿涅槃故。”[21]以如来藏为众生厌生死、求涅槃的正因，这正是《起信论》真如内熏的根据。《起信论》染净互熏义颇有特色，妄依真有，依真如而有无明，无明反熏真如，则有妄心，妄心反熏无明，则有境界，境界反熏妄心，则有业行，其次第是真如、无明、妄心（识）、境界（名色六处）、行。此处依据十二因缘而又有所改进，以真如本生代替了无明本生，由无明缘行改为无明缘起妄心，妄心变现境界，并由于贪执境界而造种种业行，如此更显合理。染熏包括无明、妄心、境界三种染法，净熏则有真如、妄心两种净法。其中妄心是无明与真如相互熏习的产物，其中包含染净两种成分，也是染净势力对抗消长的中枢。无明熏习真如，无明炽盛，妄心即是染法，能受凡夫业执苦及二乘、菩萨生灭苦；真如熏习无明，真如势显，妄心即为净法，能够厌生死苦，乐求涅槃，分别世间涅槃染净二法而厌染趋净。熏习还必须因缘俱足，依靠真如内净力之内因与佛，菩萨教化之外缘相结合，才能远离生死，达到涅槃。
