根据这一原则，此论对《楞伽经》的一些名相进行了改造，如《楞伽》言相、名、妄想、正智、如如五法，此论则将正智、如如合为真如，以为净法，以无明、妄心、境界（相当于妄想、名、相）为染法，故改五法为四法。此论又将六度改为五门，以修行成就大乘正信，五门即施门（布施）、戒门（持戒）、忍门（忍辱）、进门（精进）、止观门（禅定、智慧），强调止观俱行，定慧双修，这也是当时禅师共有的特征，相传慧光的同门僧稠禅师曾著《止观论》二卷，此论也许受其影响。此论还将信解行证四个入道步骤合而为三，在分别发趣道相部分，讲到三种发心，一为信成就发心，二为解行发心，三为证发心。将解行合而为一，强调慧解与修行的兼备同行。真如与正智、禅定与智慧、止与观、行与解是一致的，都是指能与所的关系。真如为寂灭之体，正智为能觉之用，禅定、止即达到清净寂灭的状态，智慧、观即是能觉之正智，解同智慧，行即禅行。此论的中心思想即去除能所、内外等分别二见，从而会归一心，故处处会合能所，合二为一。这一思想对后世禅宗亦有影响，故道信、弘忍藉之以为教典。
此论与地论师南道思想一样，都是调和如来藏与唯识理论，虽为唯识一系却又偏重如来藏思想，这也是《楞伽经》的宗旨。因此此论以如来藏为一切法之本，强调真如缘起，反对以杂染的阿梨耶织为缘起之本的说法。真如与如来藏为一体异名，都是纯粹清净的，阿梨耶识则是不生不灭（净）与生灭（染）和合之产物。因此，此论虽然讲到心真如门（真）与心生灭门（妄）二门，但真妄、染净并非是对等共存的东西，而是妄依真有，“依如来藏故有生灭心”，“以依真如法故有于无明”，是故如来藏为一切法本。这是因虚妄染法没有自性，不能自立，只能依附真法而有。这种妄依真有、真心为本的思想是与如来藏系理论密切相关的，如来藏系经典以如来藏为众生身中本有常住的真净实体，以无明烦恼为虚妄无实、没有自性的杂染外相，以真为本，以妄为末，真为实存，妄为虚设，故破妄显实、见性成佛是完全可能的。因此如来藏不仅是一切净法的根本，也是一切染法的根本。
此论以如来藏（真如）为一切法之本，但亦未能解决这样一个问题，即纯净的如来藏（真如）如何能够派生出杂染的无明烦恼。既云如来藏为一切法本，就包含有本体论的意味，由本体论自然会引申出生成论，即如何由本至末，由静到动，从净到染，如此便会陷于哲学思辨的泥潭。这一方面《起信论》的解释并未超过《楞伽经》。宋译《楞伽经》卷四云：“如来之藏，是善不善因，能遍兴造一切趣生。譬如伎儿，变现诸趣。离我我所，不觉彼故，三缘和合，方便而生。外道不觉，计著作者。为无始虚伪恶习所熏，名为识藏，生无明住地，与七识俱。”[19]所谓妄依真有，并非由真派生出妄，而是指无始虚伪习气并无自性，不能永久存在，只能依附常住不灭的如来藏存在，就如藤罗必须依附大树生存一样，但藤罗并不是大树的派生物。而从认识的方面来看，真妄是相互依存的两个概念，亦是分别二见，不可执著，真心无分别，无念为根本，故不应执求真与妄谁派生谁。《起信论》又多引《华严》三界唯心之义说明自心现量，明述一切境界皆是自心的分别妄见，并非真有，心灭则种种法灭，心无分别自然就能随顺真如，达到清净寂灭的境界，对于染法的缘生不必刻意执求。
