正是由于有往来参学的经历，药山大概也与道悟、天然一样，并未对后世明确宣布自己的宗承。据《祖堂集》，有问药山承嗣何人，药山并未明说，而是答云“古佛殿里拾得一行字”，再问是什么字，药山答道“渠不似我，我不似渠，所以肯这个字”。从“一行字”可以推测为马祖道一，一行者，道一也。但从“渠不似我，我不似渠”又可以推出一个“迁”字，不似者，变迁也，故也可解释为承嗣石头希迁。而且药山当时的名气不如道悟，虽然他在马祖门下垂二十年，大得赏识，但论起年资，他与百丈怀海、南泉普愿一样，都是属于小字辈，声名、地位都不高，无论是权德舆的《道一塔铭》还是归登所撰的怀让碑文中都没有药山的名字，宗密与白居易也未提及他，准确地说，除了唐伸所撰碑文之外，在当时找不到药山的影子，这并不是药山不存在或水平不高，而是说他当时的影响并不大，也不像江陵道悟那样，明确被宣布为马祖的大弟子。正是由于药山在马祖门下并无突出的地位，他又有从学石头的经历，他本人大概也未明确告知弟子自己属于何宗，是故云岩、洞山、曹山等追述上代传承，也只到药山为止，如此为后世改宗石头准备了条件。
曹洞宗将事物（境）的回互相涉转换为概念语言（智）对如如正理的表达，即通过曲折回绕的方式表达正理，以启发学人自悟，尽量避免单纯的直白和正面的宣示，也就是说将回互与不说破结合在一起，有敲有唱，正按旁提，偏正结合，宾主激励，建立了一套颇具特色的教学体系，成为曹洞宗的主要特征之一。在修行方面，曹洞宗又以兼带（回互）为最高境界，强调从非兼带（不回互）即有偏有正、有尊有卑到兼带，即非染非净、非正非偏的依次进益。
一个重大事件的发生，总是与当时的社会环境有关。中华民族是一个统一的整体，但在文化及体质方面，南北差异都是一个长期存在的不争的事实，现代甚至用基因分析方法表明南北族群之间确实存在明显的差别。可以说，道儒之争就是南北文化不同的体现，南方重清虚自然，故有老庄之说；北方尚刚健有为，故有孔墨之道。君子仁者之风有别，乐山乐水之道不同，由来已久矣。而东晋以来持续将三百年的政治上的南北对立又加剧了南北文化的差异。佛教传入中国之后，也不可避免地受到中国本土文化的影响，使佛教也产生了南宗与北宗之别。
荆溪湛然在《法华玄义释谶》卷十九将佛教分为南北二宗，认为“南宗初弘成实，后尚三论”，并称“今时言北宗者，谓俱舍、唯识”[6]。北山神清亦于《北山录》中谓“南宗焉，以空假中为三观；北宗焉，以遍计依他圆成为三性也”[7]。是以南宗重性空之说，故专弘般若空宗，《成实》、三论俱说空也。北宗尚性有之论，故专重唯识、如来藏有宗，《俱舍》、唯识俱说有也。具体到禅宗，则北宗以佛性如来藏之说为主，重视《楞伽》，南宗特重般若性空之说，偏重《金刚》。六祖惠能将两系学说融贯为一体，立自性是佛之义，以自性通贯二说，然他本人悟道的经历和弘法的方式又颇带有南人的色彩，如闻《金刚经》悟道，大讲摩诃般若，授无相戒等，这表明他在南方传教，必须尊重南方佛教的传统。
