天然先参马祖之事实不可抹杀，问题是究竟他是在马祖门下参学得法之后再去找石头切磋，还是如《祖堂集》所言当日便出发，根本未曾停留。从情理上讲，天然既与庞居士前来选佛，不可能如此匆匆，着急到连一天都不停留的程度。从天然再参马祖之时二人问答来看，天然去参石头不仅仅是参学。邓隐峰辞师，往见石头，马祖告之“石头路滑”，隐峰则道“竿木随身，逢场作戏”，自恃艺高，结果两次落败。马祖问天然是否在石头那里栽了跟头，跌倒不起，天然则道若是跌倒就不会再回来。看来天然充满自信，自以为得胜还朝，不是像邓隐峰那样落败而归，如此则天然往参石头还包含着与之较量的意图，并且未落下风。这样天然是跟从马祖有所领悟之后才去游学，其于马祖法要早已深知。这一记载出自《祖堂集》，并为后世灯录所用，看来是比较可靠的。
据《宋高僧传》石头本传，石头迁化后，“门人慧朗、振朗、波利、道悟、道铣、智舟相与建塔于东岭。塔成三十载，国子博士刘轲素明玄理，钦尚祖风，与道铣相遇，盛述先师之道。轲追仰前烈，为碑纪德，长庆中也”[4]。看来当时为石头建塔的门人中没有天然，这一说法出自石头亲传弟子道铣，应当是可靠的，其碑作于长庆中，当时天然已经是名闻洛下的大禅师，如果他确实参与了建塔，道铣没有理由将他漏掉。当然不能说没参与建塔就不是门人，不过至少在道铣心目中，天然并非石头的嫡派传人。
从天然的个性、行事和思想来看，他与马祖一系更为接近。他甘愿“孤寂”，谨守自家珍宝，反对向外求觅，这些都与南岳宗风相近。
曹洞宗属于药山一支，本为南岳系，后来却被划归石头，成为青原一系的正传，其间是非恩怨，曲折幽微，年代久远，难以明辨，然此事非小，不应无言，意非厚此薄彼，刮翻案风，而是澄源引流，知其变迁，解其原委，不屈古人，不负来者。
杜继文先生认为，石头宗系传承上的种种问题，皆与“晚唐、五代间刮起的一股贬道一、抬石头的风潮有关，而以《祖堂集》反映得最为集中”，“严格说，石头系兴起，实应从《祖堂集》为石头大造舆论开始”[5]。石头系的兴起，也是以药山一支的曹洞宗的加盟为重要标志的。舆论的作用与现实的力量相配合，使得原来人所罕言的石头宗系成为堪与洪州宗并肩的一大派系。
改换宗系不是一件小事，若非绝大因缘，不会轻易为之。首先，药山应当有从石头参学的经历。依《祖堂集》，药山“谒石头，密领玄旨”，与马祖无涉；依唐伸《药山碑铭》，则其“居寂之室垂二十年”，与石头无关。其实这些或出于宗派之见，或述事不全，不能作为定说。依理论之，药山应当与丹霞天然、江陵道悟一样，是往来于二大师门下的。冲虚大概只看重乃师的主要经历及马祖一门的鼎盛，故对药山参学石头之事未曾道及，但碑文明言“南岳有迁”，表明对于石头一派也是很尊重的，这在当时马祖门下实不多见，若非药山有此经历，何以将当时影响甚微的石头一系与马祖、北宗并列？
