《起信论》引入如来藏以使阿梨耶识具有一分清净，主要是为了说明佛性本有、现有，为众生成佛寻找内因，以对抗地论北道的佛性始有、当有，成佛须待外缘净熏之说。但如来藏又是清净寂灭、本无势用的，是本净（本寂）的，不能充当众生成佛能动的本体，因《起信论》又创心性本觉说，以本觉辅行本净，使如来藏成为能动的具备净熏功用的本体，觉本来有能动、觉照之意，从而开创了染净互熏说。
染净互熏使如来藏（真如）改变了被动、无力的性质，具备了能熏染法的净用，但也使染净双方的关系发生了根本的变化。依照有部之说及如来藏理论，虽然烦恼妄识有隐覆如来藏的势用，但染净各立，并不相应、相合、相杂，如同浮云遮蔽日月，只是暂时隐覆，并不能改变日月的明净之性。同样如来之藏也没有清除、转变烦恼妄识的势用。《起信论》引入如来藏就是为了说明众生内因和内在可能性，而原有的如来藏概念有体无用，仍然需要外缘开示，因此不得不加以改进。然改进之后，如来藏有了熏习转变染法之用，也必然导致染法具足熏染净法之力。染净双方从互不交涉转为相应相杂、相互渗透和改变的关系。
《起信论》为说明众生成佛的内在根据而回到如来藏立场上，而在具体说明成佛的现实过程和可操作性时又不得不退回到唯识方法，也就是唯识所援引的大众部执染净双方相应、相合、相杂的观点上。之所以如此，是由于《起信论》一直追求解脱成佛的内在性和自足性，引入如来藏是为了说明体的内在性（本具佛体），创立互熏说是说明用的自主性（本有净用）。这一方面在成佛理论上是一个大的突破，说明众生凭借自力完全可以成佛，另一方面也带来了许多理论上的混乱。按照传统的解释，如来藏真如毫无自我解脱的势用，自然不能说是完全合理的。但若依《起信论》之说，既然如来藏本身具足净用，又如何解释绝大多数众生未获解脱的现实呢？
因此，《起信论》试图摆脱唯识束缚的努力并未获得真正的成功。它在心真如门中坚持了佛性（本净之性）现有、本有、恒有的立场，而在心生灭门中又用本觉、始觉说来会通佛性（本觉之性）现有、当有二说，试图同北道进行妥协，事实上又回到了唯识立场上。也就是说在体的方面坚持了如来藏说，而在用的方面又陷入唯识之中。
《金刚三昧经》则确实包含着对唯识的真正批判，它以会合如来藏与般若理论为宗旨，以般若真空契合如来藏妙有，以无分别之真智观照无相之如如，境智双融，空有俱泯，理行合一，从而使众生获得真正的解脱。
《金刚三昧经》在《起信论》的基础上完成了对唯识的超越和消解。《起信论》强调的是染净、体用的合一，《金刚三昧经》强调的则是空有、境智的本一。故《起信论》之一是融合众流的一，是具足的一；《金刚三昧经》之一是超然物外的一，是不立一法的纯一。当然二者也可以会通，但其特点是不能抹杀的。是故此经以一觉取代二觉，甚至对二入也进行了超越，而去追求绝对纯然的本一。这是由于它用般若智慧扫一切相，染净之法俱在扫除之列，从而达至如来之藏，获得解脱。由此完成了对唯识的超越，直以般若通达如来藏，以真智至真净，从而别开蹊径，避免了《起信论》与唯识的纠缠不清。
说明《金刚三昧经》与元晓宗依的《起信论》的不同还不足以论证元晓未作是经，因为这种不同只是一种看法，不一定会得到赞同。这方面最有力的根据是元晓所作疏与经文本身有差别，可以说元晓所依据的是一个不太完整的抄本，这就足以证明元晓未作是经。
