《金刚三昧经论》是元晓思想成熟、定型之后的作品，其中提到《起信论疏》与《起信论别记》，又多处引用《起信论》的思想文句来解释此经。可以说，元晓是以论解经的，而且在以论解经的过程中，有意无意地抹杀和消解了经论之间的差别和对立。元晓思想是以《起信论》为根基的，他在接触到《金刚三昧经》之后发现了二者的矛盾和对抗，这对于他本人的思想基础是一种动摇和威胁，因此他为此经作疏，力图对二者进行调和，甚至以《起信论》来曲解《金刚三昧经》的某些方面，以捍卫和保障自己的思想根基。这才是元晓为之作疏的根本目的和真正动机。
《起信论》依楞伽而作，意在调和唯识与如来藏两系，属于唯识一系而又偏重如来藏思想，其间虽亦兼取中观一系的理论，但其着重点并不在此。元晓谓其“无所不立，无所不破”，“无不立而自遣，无不破而还许”，云其通摄“《中观论》《十二门论》等”之破与“《瑜伽》《摄大乘论》等”之立，故赞之为“诸论之祖宗，群诤之评主”，只是一得之见。
《起信论》创作的时代，大乘有宗地论南道所面临的主要对手是小乘毗昙宗和成实宗，还有同为地论派的北道，而不是倡导中观学说的三论一系。因此正如净影慧远所指出的那样，斯论破斥的主要对象是毗昙师和成实师，以建立大乘、和会百家为己任，对于同属地论系的北道，斯论是有排斥、又有引纳的，强调二者之间的妥协与调和。对于流行于南方的三论一系，《起信论》并未与之产生太多的关系，二者同属大乘，故未加以破斥，又由于南北悬隔，亦未有太多的联系和接引。《起信论》中亦有般若学说，这是由于受到其所宗依的《楞伽经》的影响。
《起信论》着重会通如来藏与唯识二系，意在融合染净，故由一心开出二门，心真如门即真净门，心生灭门即杂染门，由真净义说明如来藏法身，由杂染义说明烦恼情识。二门还归一心，心真如门说明心体，心生灭门说明心之相用，二者皆是一心之示现，性相皆属一心，非有别体之义。
《起信论》在会通两系时遇到了一些难以克服的矛盾。如来藏系继承有部正说，以为众生身中本来具足如来之藏，只因为烦恼外衣所覆，不能显了，若除去烦恼外衣，即可开示如来宝藏，见性成佛。从本末来讲，如来藏为本，烦恼妄识为末；而从势用来讲，如来藏清净寂灭，而无明妄识却具有隐覆如来之藏的力用。无明妄识为能藏，如来藏为所藏。如来藏性本清净，不具备自我开显的功用。也就是说，如来藏为寂灭不动之本体，无明妄识为杂染能覆之末用。如来藏只是说明众生成佛的内在根据和可能性，自身不能除染显净，否则一切众生早已成佛。如此如来藏只是被动的内因，众生成佛还须有佛、菩萨、大善知识等外缘的辅助开示和众生自身的解悟修习。
唯识一系乃是在如来藏系理论的基础上发展而成，其特点是专门探讨如何对治烦恼外衣，即无明妄识等。如来藏理论强调的是众生具足成佛的内在根据和可能性，唯识一系强调的是如何把这一可能性转化为现实性，即去除烦恼妄识，开显如来之藏。因此前者强调的是众生本具的净体，后者强调的是与之俱来的杂染习气。而且当唯识理论发展到一定程度时，已然脱离了与如来藏理论的联系，片面强调众生心性杂染的一面，由此造成与原来如来藏系重净的对立。
《起信论》将阿梨耶识作为染净之本，将如来藏的清净与妄识种子的杂染皆纳入其中，就是对二者的调和。这种调和是将如来藏纳入阿梨耶识之中，因为如来藏本然纯净，不可使之具有任何杂染的成分，而阿梨耶识虽然本属杂染，却具有隐覆、包藏如来藏的功用，这正与原来如来藏理论相应，但却使如来藏理论成为唯识体系的一个部分。
