《金刚三昧经》始见于《出三藏记集》卷三之《新集安公凉土异经录》中，为失译经典，但现存本杂有许多后起的内容和名相，显然已非宁康二年（374）以前的译本，而是后人之作，唯沿用旧名而已。印顺法师判之为道信以前出现的中土之作[1]，堪称真知灼见。然仍有不少学者另立新说，认为此经出自新罗，如韩国的金英泰、美国的巴斯维尔等[2]。中国学者杜继文、日本学者柳田圣山更指出是经乃元晓所撰。异说纷呈，不可不辨。
杜继文只是指出此经系元晓与大安共同创制，未说明根据。柳田圣山则在《金刚三昧经研究》中提出了似是而非、经不起推敲的证据。如柳田认为，《金刚三昧经》中早已包含敦煌本《二入四行论》的内容和形式，因此，达摩二入四行说应出自此经，非达摩学说。柳田又指出，此经的出现对玄奘唯识的性相判别是一个猛烈的打击，在对抗玄奘唯识的运动中，禅宗依《楞伽经》的一派根据《金刚三昧经》杜撰了现存敦煌本《二入四行论》。柳田还认为，元晓为对玄奘唯识学派施加压力，先撰了《金刚三昧经论》，而是经是由大安从论中提取出来的[3]。
达摩二入四行说确实与《金刚三昧经》的二入说有密切关系，二者先后次序不易判断，但若认为是经乃元晓之作，就足可判定达摩之说在前。柳田称敦煌本《二入四行说》乃依此经而撰，本来并无根据，姑依其说，则又置道宣所记二入四行说于何地呢？从内容及文字上看，道宣所记与敦煌本所载应属于同一系的传说，若认定敦煌本在元晓作经之后出现，道宣所记亦应如此。这就会在时间上产生无法解释的问题。
杜继文先生指出，此经“出现的时间远比达摩晚，也在达摩禅法的记载者道宣（596-667）之后”[4]。这一说法是有一定道理的。《金刚三昧经论》作于何时难下定论，但肯定是元晓晚年之作。水野弘元假定其作于元晓五十岁时（665）[5]，金勋博士认为时间更迟，并提出了有力的证据，如言此论中提到《起信论疏》《二障义》等，但在现存其他著述中从未提及此论[6]。
又据柳田的观点，是论是为对抗玄奘唯识理论而作，而元晓四十五岁时尚因“慕奘三藏慈恩之门”而再次入唐，从追慕到对抗总需要一段时间的转换。又据《宋高僧传·元晓传》，元晓入唐不成后行迹为之一变，“发言狂悖，示迹乖疏”，以至国王置百座仁王经大会时虽本州举之参与，而诸德恶其为人，谏王不令与会。后来王夫人不宁，遂有遣使入唐求医，得经作疏之事。这中间大概又须有几年时间，因此将之判为元晓五十岁之后之作是有道理的。
道宣卒于乾封二年（667），其僧传完成于麟德二年（665），其中大部分作于贞观十九年（645）前，其后部分属增补之作。达摩为梁时人，其传自应作于贞观十九年前，且二入四行说不类后增内容，因为将之除去后达摩传会所剩无几。如此二入四行说晚于《金刚三昧经论》的说法便根本不可能成立，禅宗一派依此杜撰敦煌本《二入四行论》之说更难以立足，既然有道宣所记在前，禅宗又何必依此经杜撰二入四行说。
退一步讲，就算把达摩传放在最后即665年，将《金刚三昧经论》置于最前即662年元晓四十六岁，还会遇到许多难以克服的困难。依照柳田的解释，元晓先作论，大安又提取成经，此经传到中土，中土依《楞伽经》的一派又据之改作二入四行说，是说又传到道宣那里，道宣依之作达摩传，这些过程都需要一定的时间，短短三年恐怕是不够的。而且道宣是一个著名的律师，行事极为严格，若有一个环节出现破绽，道宣就不会加以采纳。
考证达摩二入四行说与《金刚三昧经》的先后本来无益于说明是经是否为元晓之作，元晓也完全可以依据达摩之说而作是经，如杜继文就持此论。从元晓的思想根本来看，他是不可能作《金刚三昧经论》的。
