三祖灭化的时间是与其入罗浮之时及始化道信之时相关的。《宝林传》称隋开皇十二年（592）始化道信，这一说法得到了各种资料的印证。僧传谓道信十二三岁时遇三祖，正好是在此年，《传法宝记》亦然。《南阳和尚问答杂徵义》谓是十三岁。近代又在杭州出土了刻有“大隋开皇十二年七月，僧璨大士隐化于舒州皖公山岫，结塔供养。道信为记”字样的铭砖[3]，足证是说有据。而道信从学的时间有说是十年，有说九年，有说八九年，相差无几。据《宝林传》，道信从学八九年后于吉州受戒，却归侍奉三祖。仁寿四年甲子（604）三祖往游罗浮，不许道信随行，此后二载，于大业二年灭化。三祖往游罗浮三年归而立化之说亦见于《南阳和尚问答杂徵义》。因此《宝林传》似是可以自圆其说的。
此外，还有一个僧璨仁寿四年前灭化说。《续高僧传·辩义传》称：
（仁寿）四年春末，又奉敕于庐州独山梁静寺起塔。……处既高敞，而恨水少，僧众汲难。本有一泉，乃是僧粲禅师烧香求水，因即奔注。至粲亡后，泉涸积年。及将拟置，一夜之间，枯泉还涌。[4]
独山与皖公山相连，故印顺法师认为独山的僧粲就是皖公山的僧璨，还考定“在道信二十一岁顷（600），僧璨去了罗浮”[5]。如此僧璨可能于仁寿二年（602）灭化，这一方面符合三年南游之说，一方面又与“泉涸积年”相应。这一说法与道信从学僧璨八九年左右之说更加契合，而少了《宝林传》道信自吉州受戒后重回皖公山的蛇足（僧传与《传法宝记》皆谓吉州受戒是在三祖南游之后）。
印顺法师的僧璨卒于仁寿四年前的说法是正确的，然而更有可能是在仁寿三年（603）。据《南阳和尚问答杂徵义》之《三祖传》：
（僧璨）隐居舒州司空山。于时信禅师，年十三，奉事经九年。……璨大师至罗浮山，三年却归至岘山，……于树下立，合掌而终。葬在山谷寺后，寺内有碑铭形像，今见供养。[6]
如此道信（580—651）十三岁即开皇十二年（592）从学三祖，奉事经九年，即到开皇二十年（600）后，僧璨与宝月禅师、神定一起前往罗浮山，道信欲随往，大师不许，三年后三祖回到皖公山，其时已经到了仁寿三年（603），三祖示灭，有立化之异。
据《楞伽师资记》，僧璨“隐思空山，萧然净坐，不出文记，秘不说法，唯僧道信，奉事粲十二年，泻器传灯，一一成就”，道信以开皇十二年（592）始事三祖，经十二年，恰是仁寿三年（603）。
据《续高僧传》道信本传，道信得知皖公山二僧（即僧璨和神定）静修禅业，“闻而往赴，便蒙授法，随逐依学，遂经十年，师往罗浮，不许相逐”，如此道信从学十年后三祖往罗浮，即是仁寿元年（601），三年后归皖公山，恰在仁寿三年（603）。
《楞伽师资记》说得很清楚，从开皇十二年（592）道信始事僧璨至其灭化恰为十二年。由于其间有往罗浮之三年，如何划分则是一个小问题。《南阳和尚问答杂徵义》与《传法宝记》云是先九年奉事，《续高僧传》则谓先奉事十年，古人贯以虚岁纪年，是以既有可能先九年恰好九年，后三年实为二年多，也有可能前九年为八年多，后三年实为三年，亦有可能前者为八年半多，后者为二年半多，加起来仍为十一年多，总之都是十二年。《续高僧传》是最早的资料，可谓当时的记录，若无更加可靠的史料，不应轻易否定。
