三无生行品，述一切法无生无得，心之性相，亦无生无得，故心性本如。由心性本如故，心不生行，诸行无生，得无生行。无生之行，无见无闻，无得无失，无知无相，无取无舍，亦不取证，若有取证，即生诤论，心行无生，诸识亦空。如此心常寂灭，清净无住，不入三昧，不住坐禅。知禅性无生，得无生禅，由心无生，得无生般若。此品亦是一方面言诸法心识无生之理，一方面述如何修行趋入，强调观行合一。无生是从时间方面说明诸法无生无灭，破相续相，由此超越时间。由无相无生，一切心相尽扫，一切烦恼外衣尽除，故得显示本心觉利之性。
四本觉利品，述众生心性本利本觉，智慧满足。取《起信论》本觉一觉之义，复又提出“本利”以代替本觉。本利之“利”，一谓智慧利根之“利”，有智敏、锐利之义，一是自利利他之利，有利益之义。而本觉唯有觉照之义，且带有能、主体、我的意味，与本体一义有异，故此经多言本利。一切众生本根觉利，即此身中本来满足，以有贪欲未除，故不得本利，犹有采集之心，不能转识成智，只要“回神住空窟”，“安坐心神”，静念无起，即可心无出入，入庵摩罗（如来藏、真识），得本觉利。心无住无念，心常安泰，即得本利。此与《起信论》得本觉心的方法相近。心性清净，得本觉利，即可了知诸法实际，随顺得入真如本处。
五入实际品，众生心性本净，由染尘故，名为三界之心，三界之心，即是别境。此境虚妄，心迷而生，心净之时，则无三界。菩萨心不生境，心常清净，不生三界；境不生心，知境是妄，心迷故生，故不为妄境所动，不由外境起念生心。由此心性无起，坚心不动，心性本如，二入不生，由此坚心，可入实际。存三守一，存三解脱（虚空解脱、金刚解脱、般若解脱），守一心如[15]，入如来禅，即可使内心无喘，得此坚心。入如来禅，须理观心如，理观即称性净之理，无是非心，此是守一心如之法。一心如为体，三解脱为用，存用之道，在于心事不二。入实际者，不住二相，不用出家持戒，能以自心无为自恣，而获道果，如此之人，应不持戒，因为戒法为起心动念之人而设，此人心地，“八识海澄，九识流净，风不能动，波浪不起”，故“戒性等空，持者迷倒”[16]。此等人七六妄识不生，心常清净无染，故不用持戒，无戒可持。此处亦用海波之喻，唯言心海澄净，风波不起，坚心不动，无明难倾，与《起信》旨趣大异。以本觉利心，契真如实际，即知如如不动，性体寂静，真性空无。
六真性空品，一切境界，唯是分别，制之一处，众缘断灭。故守护一本，令其不起，即可三戒具足，四缘如顺，力用满足。一萨婆若智海可以通摄十信、十住、十行、十迴向、十地、等觉六行，一实之义可以通摄名相万法，一本利可以兼摄信、思、修、行、舍五位。制心一处为禅法之本，心常自在即常在定，彼等念想禅（如四禅等）皆非究竟。“如彼想禅定，是动非是禅”，离诸分别，得其本利，心常寂灭，是名为禅。心净为禅，种种观想，厌染趋净，是动非禅。知真性空，一相不存，即得入如来藏。
七如来藏品，如来之藏，净法满足，以一味而摄诸味，以一乘而摄三乘。如一市开为四门，四门还归一市。住一佛道（一真如法），可达三行，即一随事取行，二随识取行，三随如取行。三行总摄众行，由此三行，得入如来藏，得本实际。由本根利，而得四智：一定智（平等性智），随顺真如；二不定智（妙观察智），方便除病；三涅槃智（成所作智），除灭无常如电之觉；四究竟智（大圆镜智），如具足佛道。又由三事，流入四智海，行三三昧，灭四大、阴、界、入等，慧定俱行，由兹三事，可入四智。
最后八总持品，总结全经要义，并述持是经功德。
