此经依《楞伽经》而作，而又有所创新，并非全依其义。一方面引般若思想对《楞伽经》无相性空之义特加发挥，一方面又有意减少了唯识色彩，如对三自性只述其名，而用三无性之义，认为五法是断常之见，亦只述名相，不刻意发挥。强调般若真空与如来藏妙有的融合，对于烦琐的唯识染净熏习之义则舍而不谈。这也是有意表示与《起信论》的不同，《起信论》调和唯识与如来藏两系，属唯识而偏重如来藏，故言随缘生灭及染净互熏等，对于般若思想则虽有引述，如言“无念”等，而并未极力发挥。因此《起信论》虽然或认为是“真常唯心论”一系（如太虚法师），事实上仍属大乘有宗，其立义及名相尚未脱离有宗范围。而《金刚三昧经》则有意融合大乘空有两系，强调相空与体有的相互结合，这是达摩一系的一贯思想，只是在此经中得到完善的发挥和表达而已。
此经以扫除分别二见、显示中道本心、发挥“南天竺一乘宗”为己任，故在立义、结构及名相方面处处显示出“一”的特点。言一味、一乘、一谛、一法、一雨、一觉、一心、一性、一本、一市、一行等，强调以一摄多，万法归一，以一乘法摄三乘道，以一大海括尽江、河、淮三流。又述一体无二之旨，除灭分别二见之相，如言觉，只述一觉本觉，而不像《起信论》那样分为本始二觉信四种觉。众生心性本觉常觉，唯是一觉，并未有本与始、究竟与非究竟的分别，若有分别，迷而非觉。如言守一心如，亦不分为真如（不生不灭）与生灭二门，亦不立真妄、染净二义，因为一切见妄，一切相空，一心守一，方契实际。由此可知一经一论的不同。
此经是一部禅经，专述最上乘禅理及禅法。金刚三昧为三昧之王，心如金刚，力用坚固，见于诸多经典。如元晓所述，金刚有“体坚性利”之义，一方面指心体寂灭，安住不动，坚不可摧，一方面有贯穿其他三昧之用，锐利无比，能破烦恼，有觉照破除之功。金刚三昧同于真如三昧，亦与壁观法门相同。墙壁坚固不动，如同金刚，色彩土黄，亦似金刚。金刚罕遇，故达摩以墙壁代之，易见易修。但“面墙”本有不学无术之义，易生歧解，且初习者易有着相之病，故此经复以金刚三昧代之。《起信论》以显示大乘正义，劝令众生信入为宗旨，故一一分述智慧正理，以令众生解其理而信其法，故全书以信、解为本。此经则以揭示最上乘禅法，指导道俗修行证悟为枢要，故但言一味一乘一心之道，以令行者知其法而行其道，故一经以行、证为趣。《起信论》述大乘智慧妙义，劝令初学众生信解大乘，此经最上乘禅定之法，引导利根众生修习大乘，证悟大乘。二者是相互联系、不可分割的，而又各有特色，不可相混。
此经以揭示禅要为主，故其结构、内容皆有特色。其内容方面观行合一，禅理禅法融为一体。其结构方面前后有序，篇章次第即修行次第，条理分明。全经分为八品，一序品、二无相法品、三无生行品、四本觉利品、五入实际品、六真性空品、七如来藏品、八总持品。一序品概述经要，示一味一乘之义。二无相法品述诸法空寂无相之义，法相心相等皆空寂。此品为正述经义的初品，故其中又述无生、本利、如来藏及无住、无念、六度等义，有涵盖全经内容之感。其述无相强调一切相空，染、净二相俱不立，既不厌染，无染可厌，亦不趋净，净相亦空。一方面述诸法无相之理，一方面又讲如何修习得本空心，认为心若无生即入空寂，空寂之地即得心空，因此它是悟修并具、观行合一的。无相是对诸法事相的认识，亦是指从方所、空间方面说明诸法离内外相、离二见相，故为悟法修道的初门。由无相故，即得无念，由无念故，即无生灭虑知相，由无生灭，而得无生。
