慧可认为，自度自修的最佳方法便是坐禅。“今世后世，净十方诸佛，若有一人不因坐禅而成佛者，无有是处。”[5]众生本性如同日月，圆明清净，由于攀缘妄念，才有烦恼重云，覆障自心，不能显了，如若妄念不生，默然净会，就会使本心自然明净。无事净坐，如同密室中灯，能够破暗。慧可重视坐禅与其兼行头陀有关。道宣记载慧可门下常行头陀，持戒精严。据求那跋陀罗所译《佛说十二头陀经》，头陀行的中心便是坐禅，其远离市井，居空闲处，节衣少食，都是为了坐禅的需要。摩诃迦叶号称头陀行第一，颇受释迦牟尼的赞赏。头陀行是模仿佛之行仪而强调戒禅双修的一种修持方法，为大迦叶之后历代禅师所奉行。十二头陀行倡导坐，主张树下坐、空地坐、常坐不卧。本来行住坐卧四威仪中皆可修禅，为什么强调坐呢？这是由于坐符合中道的原则。躺卧容易昏沉，过于安逸，易生怠惰；行立容易掉举，容易产生疲累之感。只有坐法不劳不逸，自然中道，故净坐是禅修的主要方式。禅宗后世都强调坐禅，道信更是四十年胁不沾席，犹如古之胁尊者，这都是头陀行法。后世禅门也都住锡山林，不入市井，这是头陀行中的阿兰若法。
慧可继承并发展了如来藏系染中有净的思想，认为染即是净，万法皆如，愚智无别，身即是佛。道宣记载慧可弟子向居士致书请教，慧可作诗一首以为答。向居士以形与影、声与响喻烦恼与涅槃、众生与佛，认为二者不可分离，且烦恼为涅槃之本，众生是诸佛之根，其中既有如来藏系染中有净的思想，又有大乘佛教以世间众生为本的精神。故向居士认为“迷悟一途，愚智非别”[6]。并认为一切名言都是幻化之外相，虚妄无实，无所谓是非空有，亦无所谓得失，这里又包含着般若空宗破相遣虚、扫除分别二见的精神。慧可答书对向居士的看法进行了肯定：“说此真法皆如实，与真幽理竟不殊。本迷摩尼谓瓦砾，豁然自觉是真珠。无明智慧等无异，当知万法即皆如。愍此二见之徒辈，申词措笔作斯书。”[7]他首先肯定了向居士的观点，认为其说与真理不殊。针对“迷悟一途”，他又指出迷悟为用的不同，世人本来长迷，为无始无明所熏，不知自身即同如来，以之为瓦砾染器，豁然自觉，方知身同佛身，如同摩尼珍珠，光明纯净，非是杂染瓦砾。自心的迷悟是作凡作圣的关键，迷则轮转生死，悟则出离三界，这一思想为后世禅门所依，至六祖时更为成熟。
此处与《起信论》不同，《起信论》将迷悟（觉不觉）放在染门（生灭门）中，认为染中才有觉不觉，净（真如）中无二见，迷悟依染净而立，对于迷悟对染净的作用则谈之不详。慧可则强调迷悟的意义，认为染净在于迷悟，迷则以净为染，悟则知染是净，迷则长染，悟则恒净。但慧可直承如来藏思想，强调的是净法本来常净，以摩尼为瓦砾只是迷人的错觉，并不强调这种错觉的作用和后果。对于“愚智非别”慧可完全肯定，认为无明智慧平等无异。对于外相妄法慧可强调以真如体观取代虚妄相观，认为万法皆如，体无分别。最后慧可说明作书的目的和缘起，是哀悯时人二见炽盛，不见中道实相，为救此辈，故作斯书。慧可引入般若遣相思想以说明如来藏（真如）实体的恒常清净，远离分别二见，认为身即是佛，本来涅槃，不必更求涅槃；身同佛身，本无烦恼，不须更断烦恼。慧可对如来藏思想进行了创造性的发展，将染中有净发展为染即是净，故认为法即是如，身即是佛，故不除染，因为无染可除；不求净，由于本来常净。慧可扫除了染净二法的分别二见，认为二见本属妄染，以一真净法（真如、如来藏、佛性）取代二法，由于真净无染，故净亦不立。无二见，故无生灭；无生灭，故本来常存，以得妙有之体。无二见，故染净俱不立；二俱不立，故一相不存，一法不立、以得真空之性。
