生态移民不只是简单的人口迁移，移民不仅是生存空间的转移，更深层次是对传统生产、生活方式的一次重大转型。既是人与自然资源的重新整合过程，又是区域经济结构重建、社会结构局部变迁与发展的过程。尽管宁夏生态移民取得了显著成效，在帮助移民群众脱贫致富和改善生态环境方面起到了巨大的作用，但随着移民开发建设工作的不断推进，一些影响可持续发展的深层次问题逐渐凸显出来。
一、生态移民开发存在的主要问题
（一）部分政策的适应性、前瞻性不强
宁夏生态移民涉及地域广、数量大、周期长，移民迁出地的情况各异，政府在制定相关政策时可能过多关注了移民的整体性特点而忽略了其差异性的现状，导致部分移民政策本身缺乏适应性，难以满足复杂的移民工程的需要。
1.移民县外搬迁需求强烈
多数移民不满意县内搬迁地的安置区环境，而愿意到自然条件更好、产业配套更完善、居住环境更优美的县外安置地生活。而政策中县内移民规模与县外移民规模的结构性差异，导致政府在短时期内难以全部满足移民县外搬迁的愿望。
2.安置房分配缺乏地区差异的考虑
根据宁夏“十二五”的生态移民规划，移民安置住房是按户分配的，住房标准为54平方米每户，按一家三口人来算，人均只有18m2，离移民预期差距较大。并且实际中移民人口家庭不均，多数家庭存在“三代多人”及多子女的情况，搬迁后人均居住面积尚不足10m2，出现了家庭人口多与住房面积小的矛盾。
3.滞留群众影响迁出区的整体改造
根据政策规定，对单人单户、60岁以上老年夫妻及2009年12月31日以后分户的新户不予搬迁安置；对于不符合搬迁条件的，长期居住在移民迁出区且没有固定工作的非农户、鳏寡孤独等特殊人群也不予搬迁安置。而目前各移民迁出村均存在上述情况，且所占比例较大，如果对于这部分群众不进行妥善安置，将严重影响迁出后的整村改造和生态恢复工作。
（二）移入区的环境面临挑战
生态移民的输入不仅是人的输入，也是生态破坏和贫困的输入，如果不能科学规划，必将对迁入区的生态环境产生影响。从宁夏整体的区域特点来看，无论搬迁到任何地方，都是生态环境脆弱区。这种搬迁在减轻迁出区环境压力的同时，也增大了迁入区生态环境压力。
1.水资源利用问题
宁夏三十多年的移民工程，基本以农业移民为主，安置区的选择也多为大中型水利工程周边新开发灌区。大量移民的迁入、大面积荒地的开垦和移民安置配套工程的建设，都会给迁入区的水资源利用带来很大的影响。为了保证灌溉区的用水量而加大对黄河水的提取量，以及管理不善和传统的大水漫灌等都会导致黄河水资源的减少，使原本就属于干旱区的生产、生活和生态用水更加紧张。
2.土地开发与利用问题
宁夏移民主要迁往宁夏引黄、扬黄工程开发的灌区、国营农场以及宁夏引黄、扬黄灌区周围尚未开发利用的荒地，该地区土地平整、扬程低，灌溉水源基本有保证。但随着移民规模的增大，由于气候干燥，灌溉水资源日益紧张，新垦荒地地力差，并且新移民不熟悉灌区种植方式，缺乏科学的种植方法，使新垦区的生态环境不堪重负，甚至部分地区出现了新垦土地荒漠化的现象。另外，随着宁夏扶贫扬黄灌溉工程接近尾声，红寺堡灌区、盐环定扬黄灌区已没有安置容量，后期的生态移民只能通过新建小型灌区和调整老扬黄灌区人均占有耕地资源来增加安置容量，采取县内安置搬迁的方法，也会使安置土地调整的难度加大。
（三）新的社会问题逐渐凸显
