然而，清代尚存的这部元刊孤本脱文有限，仅阙序言与卷14的第十八页，而包括《四库》本在内的诸部清抄本《吴礼部文集》却残佚严重。国家图书馆今藏清初抄本《吴礼部文集》一部，[9]其中各卷脱残诗文达19首，篇中脱简甚或缺页尚不计入，且抄写极为草率，错讹衍夺，字迹漫漶，多不可辨识。《四库全书》据两淮盐政采进本收录《礼部集》，残佚诗文与前本完全相同，而且前本脱误模糊之处，四库本往往据文意补改，应该是据前本流传之抄本收录。[10]
民国十三年（1924），永康胡宗楙梦选楼辑刊《续金华丛书》，以清八千卷楼丁丙抄赠本为底本刊刻《吴礼部文集》，这是师道集的第二次刊版行世。丁丙本原在卷1、卷2、卷11、卷12、卷14后各附《补遗》，收录该卷脱落诗文，《金华》本据之不变；又以他校调正卷14《送梁仲庸御史序》以下6篇前后羼乱的篇页，并借张金吾爱日精庐抄本校订文字讹误，卷首则据黄溍《文献集》补入《吴正传文集序》，比之传世各家清抄本，内容已略完备。丁丙本《补遗》共收录诗文18篇，应是原抄本阙失、后据别本补抄的脱文，其篇目与国图清初抄本、文渊阁《四库》本基本相同。[11]又据《金华》本胡宗楙跋，张氏爱日精庐抄本各卷无《补遗》，较丁丙本少十数首。[12]这说明，包括《四库》本在内的所有清抄本都残佚严重，似非出于徐秉义收藏的脱文较少的元刊本，而应是传录自有同样脱文的国图藏清初抄本。前引《培林堂书目》，徐氏在元刊本外，恰恰另藏有抄本一部。这部抄本，方是“王士祯写自昆山徐秉义家，因行于世”的众多清抄本之源。
吴师道集的传世本，尚有明抄本一部。1930年，藏书家傅增湘在北京文禄堂书铺得见明抄本《吴正传先生文集》20卷《附录》1卷，遂以明抄本逐字对勘《续金华丛书》本《吴礼部文集》，先后写下校跋四篇。[13]根据傅增湘考察，明抄本蓝格，绵纸，半页十三行，行二十二字。卷17后有“侍书洪寿录”小字一行，当是抄录者的题名。抄本首尾完具，卷首虽无元刊本所有的《吴先生小像》及《兰阴山人自赞》，却完整保存了“至正六年九月甲申乌伤黄溍序”。卷末附录《墓表》《墓志铭》后，又据《元史》补抄吴师道本传一篇，亦与元刊本相同。更重要的是，明抄本20卷篇目完整，未有阙文，不仅比残佚严重的各家清抄本、《四库》本优越，较补遗脱文的《续金华丛书》本亦多《忆知赋》一篇。同时，《金华》本脱落诗文附存于各卷之后的《补遗》，而明抄本则诗文具列于卷中，篇目次第非常准确。在文字上，傅氏亦据明抄本校订《金华》本讹舛，改正增补凡1600余字。此外，明抄本在版本流传上也是别有所自。据该本之后康熙十七年（1678）杜楚题跋、甲戌年偶影居士跋及藏书图记，明抄本在康熙十七年原为吴氏裔孙吴贞源藏书，壬申年由偶影居士购存，居士曾从师道后人吴勖借所藏家稿校过，在抄本中留下大量校字。其后，该本经邵晋涵、沈复灿鸣野山房、杨鼎重远书楼、王文进文禄堂等递藏，在版本源流上，较出自昆山徐氏的各家清抄本及《续金华丛书》本都更为可靠。因此，明抄本不惟版本来源最为可信，而且内容更加完整，篇目次第更为准确，文字讹误也较少，故其价值不独在各清抄本之上，也在《续金华丛书》本之上，是传世诸本中除元刊本外最为完备精善者。明抄本《吴正传先生文集》今藏台湾“中央图书馆”，由于它的文献价值，1970年，该馆将之影印出版，收入《元代珍本文集汇刊》，使得以流传。
