陈基“韬晦养粹甘为农”、“但愿击壤歌时雍”的时日并没有维持多久。至正初年，元朝已经面临深重的社会危机。至正十一年（1351）五月，刘福通领导的红巾军在颍州揭竿而起，江淮各地纷纷起兵响应。十三年正月，泰州私盐贩张士诚起兵反元，攻占高邮，自称诚王，国号大周，改元天祐。十六年，张士诚渡江南下，二月攻克平江路等地，改平江为隆平府，据以为都。十七年，张士诚为上游朱元璋所逼，局势日蹇，遂以八月归降元朝，图保一隅。隐居教授吴中且以诗文闻名的陈基，也不可避免与张士诚政权发生关系。至正十六年六月既望，陈基即为张士诚女婿潘元绍作《左丞潘公射吴江佛寺浮图诗序》，[16]不过，他当时尚未成为张氏属官。尤义《陈基传》云：“属南州用兵，朝廷开行枢密府镇抚南服，起基为都事。”朱彝尊《陈基传》亦曰，“起行枢密府都事”。[17]说明陈基为都事，应在张士诚降元、元朝授予太尉、设置行枢密府之后。可以说，张士诚归附元朝，为陈基复出扫除了心理障碍。因为陈基虽然任职张士诚政权，但其官职毕竟是张氏承制所授，名义上仍是元朝的职官。对于曾任元经筵检讨的陈基而言，这一点非常重要。根据陈基《赠医学提举张性之序》《送周信夫序》两文，至迟在至正十八年七、八月间，他已任江浙行枢密府属官，与该府官员有密切交往。[18]至正十八年，张士诚部袭据杭州。十九年，元授士诚弟张士信江浙行省平章政事，统兵镇杭，陈基则以元江浙行中书省左右司员外郎为张士信参佐。二十二年秋九月，张士诚乘朱元璋与陈友谅大战之机向外扩张，南抵绍兴，北至济宁，西距汝颍濠泗，东薄于海，势力达到极盛。陈基亦随军至淮安路，并作《淮南纪行》组诗以纪其事。二十三年春，陈基参与张士信征伐淮南的军事行动，升为郎中。不久，由杭归吴，改参张士诚太尉府军事。同年九月，张士诚叛元自立，称吴王，不再输粮大都。尤义《陈基传》云：“及太尉自王于吴，群下同声贺之，而基独谏止。太尉欲杀之，不果。”不赞同张氏叛元称王，对于陈基这样一位曾经仕元的传统士人，是非常自然的，具有相当深刻和普遍的社会背景，然而这却几乎使他招致杀身之祸。其后，陈基“超授内史，迁学士院学士，阶通奉大夫，覃恩二代，凡飞书、走檄、碑铭、传记多出于其手”，说明他在张氏政权中，确实以文章受到重视，但是陈基“每以为忧，而未能去也”。[19]
