顺帝初即位，立钦察氏为答纳失里皇后，至元三年（1337），因后兄唐其势谋逆罪牵连，被丞相伯颜鸩杀。其时，顺帝宠幸高丽奇氏，生皇太子爱猷识理达腊，欲立为后。丞相伯颜不可，改立弘吉剌氏为伯颜忽都皇后，然皇后无宠，其子真金年二岁即夭折。至元六年伯颜罢相，顺帝遂立奇氏为第二皇后完者忽都，居兴圣西宫。此外，顺帝还立有第三皇后木纳失里，居隆福宫，至正七年卒。至正八年（1348），“监察御史李泌言：‘世祖誓不与高丽共事。陛下践世祖之位，何忍忘世祖之言，乃以高丽奇氏亦位皇后。今灾异屡起，河决地震，盗贼滋蔓，皆阴盛阳微之象，乞仍降为妃，庶几三辰奠位，灾异可息。’不听。”[11]李泌奏言，与陈基有着重要的关系。尤义《陈基传》记载：“其（黄溍）徒有为御史者，以言责咨于基。基谓并后为致乱之本，因草谏章力陈其失，冀君觉悟以正始也。而上方溺爱，诘知其由，欲置基于罪，怒且不可测。”可见当时的情势，已远非顺帝“不听”而已。陈基由此被迫于至正九年冬避祸南逃。黄溍大约也因此事牵连，于“九年夏四月，洊上章求归田里，不俟报而行。上闻之，遣使者追及武林驿，敦迫还京，复供前职”。十年夏四月，黄溍终于谢官南还。[12]
长达十五年的努力，三游京师的艰辛，方得到荐任却几陷不测，这一挫折给了陈基沉重的打击。他离开大都辞别友人时不禁感慨丛生：“结发事书史，及壮服冠裳。远游至京师，永言观国光。叨逢尧舜时，拔擢登明堂。佩以明月珠，被之云锦章。驱车未及门，平地生太行。丈夫慕前修，出处岂有常？但念平生友，惜别衢路旁。惟愿各弩力，矫首永相望。”[13]其痛苦失意溢于言表。
回到南方后，陈基奉母避居平江路（江苏苏州），教授诸生自给，暇时则与顾瑛等吴中士大夫诗酒唱和，以诗文自娱。与陈基同门十载并曾同游京师的友人王袆到吴中相访，临别诗赠陈基，感言：“君言禄爵非所愿，但愿击壤歌时雍。却因文章著不朽，韬晦养粹甘为农。顾我所愿颇异子，谓欲与世相奔冲。黄金铸印锦悬绶，时至未敢辞侯封。丈夫出处虽二致，非系愚哲由乖逢。得意觖望亦常事，所贵自宝如璜琮。”[14]王袆原与陈基同样志向高远，曾“为书七八千言上时宰”，并受到危素、张起岩举荐，却“不报”，[15]当时亦不顺达，颇心存觖望。不同于陈基的是，王袆虽遭受挫折，却仍保持着积极入世的进取心态，故二人趣舍不同却能心意相通。所以王袆借诗相慰勉，也可见陈基因宦途蹉跌，于朝廷仕进似已一时心灰意冷。
