至正十五年正月，罢都水庸田使，贡师泰除江西湖东道肃政廉访副使，寻升福建闽海道肃政廉访使，六月之任。十月，以礼部尚书召。十一月，又改任平江路总管。时因战乱，海运不通，京师粮食匮乏。元朝设立分海道防御运粮万户府于平江路，希望征集江南粮食，以供给京城。师泰改任平江路总管，或出于他在吏部侍郎、都水庸田使任上擅长和籴的考虑。然而，十三年五月在淮南起兵反元的张士诚，已经先后攻占泰州、高邮、泗州等地，进逼长江。长江南岸的平江路已岌岌可危。有人为师泰安危担忧，劝他“宜迟迟其行”，以观时势变化。师泰却以“上命也”而不从，于十二月二十八日就任。[12]果然，十六年初，张士诚因淮东饥荒，遣军由通州渡过长江，入常熟，正月三十日即攻陷平江，又连陷湖州、松江、常州诸路，并改平江为隆平府，建都于此。贡师泰官属溃散，怀印与推官俞节欲赴水死义，遇渔人营救，遂隐居吴松江上一年多，寓钓台书院山长吴野（字景文）家，改易姓名为端木氏以避祸，并作《幽怀赋》以自见。这篇重要文献，直至明嘉靖七年（1528）宁国知府沈性重编贡师泰诗文集时，尚保存在贡氏裔孙贡钦处。遗憾的是，沈性因此赋“词意颇不类”，可能是对明朝廷有所违碍，未编入《玩斋集》，而是“归之钦，俾自录入家集”，[13]以致未能流传后世。否则，元末浙东的历史情景，贡氏当时的境遇心态，读者可以得到更为深切的理解。
至正十七年八月，张士诚归降元朝，贡师泰得以归印江浙行省。十月，行省丞相达识帖睦迩因平江失守并非师泰之过失，以便宜除两浙都转运盐使。师泰就职，即剔除积弊，使奸贪慑服，盐法流通，以资国用。次年八月，又升江浙行省参知政事，到署未阅月，即庶务毕举。不过，此二任皆非元朝直接除授，只是江浙丞相承制所任，故师泰虽尽力职守，却并不合其志趣。
至正十九年正月，为缓解京城粮食困境，廷议罢福建都转运盐使司，设置提举司，起贡师泰为户部尚书，分管以福建、广东盐易米，自海路漕运直沽。在元末各地战乱的情况下，要完成这样的使命是非常困难的。师泰本人也充分意识到这一点，不过，他还是毅然接受任命，一面上书中书省，申明：“闽中山多田少，以盐易米，故为便益。福建只恐盐有余而米不足，民将不堪，财竭力尽，人心离散。”提醒当政，此事只可权宜，不能久行；一面自杭州出发赴任。由于道路受阻，师泰在海宁滞留七个月，其年冬，留眷属于海宁，始经会稽、上虞、鄞县，浮海抵达福州。其时舆论多言不便，官仓存盐不满百引，福建郡县又多为起兵者割据，虽名义上禀命行省，而政令难以施行。在这种艰困的情况下，师泰“剪刈魁奸，搜剔宿蠹，分遣僚属，晓喻客商，严制以断私贩，分隅立局以便民食”，居然“逾月，得米五万余石，先漕京师”。[14]同时，他再次上书中书省，指出福建已经盗贼充斥，绝无商贾，而且境内素非产米之地，恳切地说明以闽盐易米漕运京师不利于行省治安。然而，元朝当时急需粮食，至于福建的民生与安定，已非当政所及。故二十年九月，元朝以笃列图代任户部尚书。师泰立即退出官邸，出居福州城西香严寺，谢绝有司俸廪，筑高风台、鸣凤亭，日与诸生讲明道德性命之要。二十一年九月，元朝以秘书卿召贡师泰还朝，并命福建行省还其所辞俸禄。又由于福建战乱，次年夏始离福州北上，七月抵达眷属寓居的浙江海宁，十月十日即因病去世。
