元朝的郊祀礼基本承袭前代，却存在两方面问题：其一，不分南郊、北郊，天地合祭。其实合祭并不始于元朝，而是由来已久。“汉承秦弊，郊庙之制，置《周礼》不用……迨其季世，乃合南北二郊为一。虽以唐、宋盛时，皆莫之正。”[20]成宗大德九年（1305），朝臣集议提出南、北郊分祭：“今当循唐虞三代之典，（南郊）惟祀昊天上帝。其方丘祭地之礼，续议以闻。”武宗至大二年（1309）、仁宗延祐元年（1314），朝臣又两次“请立北郊”，都因故中辍，直至元末。[21]受南宋理学大师朱熹的影响，元朝的许多儒家学者包括吴师道都认为，天子的郊祀礼，“贵诚而尚质，务在反本修古，不忘其初而已”。[22]根据《周礼·春官·大司乐》的记载，冬日至，于地上圜丘礼天神；夏日至，于泽中方丘礼地示。即古代礼仪是天地分祭，而西汉末年以来的合祭制度，是王莽之制，不合于古。因此，宋代苏轼与朱熹之间合祭、分祭的歧义，就不止是不同学说的争论，而且关系到是否恢复古代礼制的关键性问题。可见，师道策问的要义，仍然是依据古礼改革和完善元朝的郊祭制度。
其二，有元郊祭一直是派遣大臣代祀，而不能做到天子亲祀，这又是不合古法的。英宗曾有意亲郊而未遂，直到至顺元年（1330）十月，文宗始“亲祀昊天上帝于南郊，以太祖配”。故《元史》曰：“自世祖混一六合，至文宗凡七世，而南郊亲祀之礼始克举焉。”[23]顺帝至元六年，罢逐伯颜，监察御史呈奏：“古者宗庙四时之祭，皆天子亲享，莫敢使有司摄也……自陛下即位以来，于今七年，未尝躬诣太庙，似为阙典。方今政化更新，并遵旧制，吿庙之典，理宜亲享。”顺帝遂于是年十月初四日亲祀太庙。[24]在此之后，皇帝亲祭南郊也提上议事日程，终于至正三年十月，顺帝“亲祀昊天上帝于圜丘，以太祖皇帝配享，如旧仪制。右丞相脱脱为亚献官”。[25]此时，吴师道虽已因丁忧辞国子博士南还，但他关于古今郊祭礼的讨论，的确不是泛泛而发，而是有着经世致用、为元朝恢复古代郊祭制度提供理论依据的切实宗旨。
三皇祭祀著于朝廷法典，始于唐代。元成宗元贞元年（1295），命天下通祀伏羲、神农、黄帝三皇。于是京师与地方郡县纷纷建立三皇庙，每年春、秋二季祭祀，如宣圣庙释奠礼。[26]元代三皇庙制亦有其特殊性，即庙学合一，不但三皇庙与医学同设一处，而且春秋祭祀，亦由医官主持。吴师道《国学策问》亦对此提出疑问：
前代古帝王之祭，不独三皇也。祭三皇著令于唐。夫其开天建极，功被万世，固当在所尊。我朝大建宫宇，春秋祭祀，甚盛典也。顾乃属之医家者流，而限为专门曲艺之祖，议礼之意，其可得而闻欤？[27]
尽管历代典籍对三皇记载有异，然都视之为中国传统文化的始祖。宋代兴起的理学，更将其奉为古昔圣帝明王的发端，儒家道统的开启者。元朝将三皇祭祀列入国家礼典，春秋祭祀，如孔庙释奠礼，却仅仅尊奉为医学始祖，这当然是以道统承载者自任的儒家学者所无法认同的。策问对三皇祭礼的合理性提出质疑，其深意也正在于此。在众多学者的促进下，至正九年，顺帝终于接受江西肃政廉访使文殊讷呈奏，对京师三皇庙祭祀做出改进，由“上遣中书省臣代祀”，“如国子学宣圣庙春秋释奠”之礼。[28]
礼乐制度不仅是朝廷典仪，也是社会教化的重要途径。因而，吴师道对民间的礼仪规范也非常在意。《策问》三十五提出：
