《全元文》选用的清抄本中也有较为精良的影元抄本。如蒲道源（1260～1336），字得之，号顺斋，兴元南郑（陕西汉中）人。初为郡学正，后归乡教授。皇庆二年（1313）征为翰林编修，进国学博士。延祐七年（1320）辞归，后至元二年卒。道源恬于仕进，以濂洛诸儒之说倡于汉中。黄溍称其“以性理之学施于台阁之文”，[18]为文平实显易，不尚华藻。道源死后，其子蒲机裒辑遗文为《顺斋先生闲居丛稿》26卷，于至正十年（1350）刊板行世，黄溍作序，是为道源集之始刊本。其后未曾重刊，多以抄本传世。上海图书馆藏有元至正十年始刊本的全本一部，不便使用。国家图书馆则仅存残本卷14至卷26，前半部已残佚。幸而北大图书馆李盛铎藏书中有清张月霄爱日精庐旧藏影元蓝格抄本一部，版式行款与元至正刊本完全相同。《全元文》遂用为底本，收录蒲道源文章285篇，并据元刊残本校正错误，尽可能地保存了道源作品的原始风貌。[19]
《全元文》采纳的清抄本还有一些是作者文集的惟一传本，如上海图书馆藏清劳权校抄本杨维桢《铁崖赋稿》2卷，国家图书馆藏清嘉庆元年（1796）抄本史伯璿《青华集》4卷、京师图书馆抄本蒋易《鹤田蒋先生文集》2卷、清抄本吕不用《得月稿》7卷。这些抄本虽抄写时间较晚，在文献流传史上却是弥足珍贵的。
四、精校本
《全元文》在选择元人文集的版本时，不仅重视版本时间的早晚，也善于利用校勘精良的善本。有的文集，时间最早的版本并不是最好的传本，而一些时间较晚的版本，由于经过后人的校勘，反而成为校订精良的善本。如戴表元《剡源戴先生文集》30卷，传世的最早版本是明万历九年（1581）戴洵刊本，分藏于上海和杭州大学图书馆，另有《四部丛刊》影印明万历刊本，可资以利用。然而万历本虽刊板较早，却错误颇多，并非善本。而清道光二十年（1840）郁松年刊刻的《宜稼堂丛书》本，经过郁松年校勘，附有《札记》1卷，可以订正戴表元集的错误。且国家图书馆收藏的一部《宜稼堂丛书》本，还附有清沈炳垣校跋，并抄录清何焯的批校及跋。所以，《全元文》选用此本作为戴表元文集的收录底本，仅以《四部丛刊》影印明万历本作为参校本。
五、四库本的使用与失当
台湾“商务印书馆”影印文渊阁《四库全书》本的使用，是《全元文》中必须说明的重要问题。《四库全书》是清乾隆时编纂的一部大型丛书。作为历史上一项重要的文化工程，本来应该有利于历史文献的整理、保存和流传，它也确实部分起到了这些作用。但是由于清廷寓禁于修的编纂宗旨，在修纂过程中，除对许多书籍禁毁或放入存目不予收录外，即使收入《全书》的文献，也一律经过四库馆臣的审核、删削与修改。对于元代文献而言，比其他朝代还增加了对少数族人物姓名、地名等的有意更改，因而导致了这些历史人物、历史地名的歧异与辨识的困难。再加上《四库全书》以抄本存世，尽管每一部典籍都有校对、总校等多名官员校订、覆勘，还是难以避免誊录过程中衍夺脱略等失误。所以。在有其他较好的版本可资利用的情况下，一般不应轻易使用《四库全书》本作为收录底本。然而，《全元文》确实较多地采用了《四库全书》。在收录的203部元人文集中，共有61种使用了《四库全书》本作为底本，几占全部的30%。这其中又存在五种情况：
