《全元文》使用的明刊本亦有部分是元人文集的始刊本。如李存（1281～1354），字明远、仲公，称俟庵先生，饶州安仁（江西余江）人。应科举不利，居家教授，与祝番、舒衍、吴谦合称江东四先生。至正十四年卒。李存博学工古文，殁后，子李卓编订其诗文为《番阳仲公李先生文集》31卷，明洪武、永乐间涂幾、邹浚先后作序，永乐三年（1405）由重孙李光刊行。《全元文》收录李存文章353篇，依据的就是其文集的始刊本——国家图书馆藏明永乐三年李光刊本。[3]同此，《全元文》收录的明洪武十一年（1378）黄钧刊本《秋声集》9卷，明初刊本《白云稿》11卷，也都是黄镇成、朱右文集的始刊本，弥足珍贵。
当然，《全元文》采纳的明刊本，绝大部分还是元人文集传世版本中的最早本。比如元代儒学大师吴澄（1249～1333），字幼清、伯清，称草庐先生，抚州崇仁（江西崇仁）人。宋咸淳举人，试进士不利，构草庐讲学著述。至元二十三年（1286）程钜夫访贤江西，挽之入京，不受荐，以母老辞归。吴澄不乐仕进，大德末任江西儒学副提举，至大间为国子监丞、升司业、拜集贤直学士，至治、泰定间超拜翰林学士，为经筵讲官，主持编修《英宗实录》，其后皆以疾辞归。元统元年卒。吴澄是元代最重要的儒学大师，以道统自任，《易》《书》《礼》《春秋》皆有著作，与许衡并称南北大儒。其文章亦词华典雅，斐然可观。有《支言集》100卷、《私录》2卷，凡文90卷、诗10卷，澄孙吴当所编，元代刊行。不幸元末刻板毁于兵火，刊本亦有散佚。明永乐四年（1406），五世孙吴爟取家藏元刊本重新刻梓，篇类卷次悉存其旧，不加更改，惟散佚篇章，则列篇题于各卷之末。其后又有宣德十年（1435）五世孙吴炬刊本《临川吴文正公集》100卷，多《外集》5卷。清修《四库全书》，即据明永乐本收录《吴文正集》100卷。明成化二十年（1484），江西抚州方中、陈辉将100卷本重新编卷刊刻，成《临川吴文正公集》49卷、《道学基统》1卷、《外集》3卷、《年谱》1卷。其后又有明万历四十年（1612）刊本、清康熙六年（1667）活字印本、雍正活字印本、乾隆五十一年（1786）万氏刊本等版本，皆据改编后的49卷本刊印或排印。百卷本是吴澄文集的第一次编订，但元刊本、明永乐刊本今皆不存，宣德刊本仅国家图书馆藏有残本一部，存28卷，残佚泰半，无法使用。《四库全书》本年代偏晚，且有抄录之误与删改之嫌，不宜采用。49卷本虽是百卷本吴澄集的改编本，但成化二十年刊本仍存世，是传世各版本中年代最早的。所以，《全元文》以明成化刊本《临川吴文正公集》49卷为底本，收录吴澄文集1422篇，而以《四库全书》本《吴文正集》100卷为校本，另补集外文38篇，既采用了年代较早的刊本，又参考到不同流传系统的版本，在版本的选用上还是恰当的。[4]
