文集版本的确定，是元人文集选择之后的第三步工作。《全元文》注意选取那些刊板流传较早，能够较完整地保存作者文章原貌的版本，同时也重视收存抄录、校勘精良的善本。当然，由于客观条件的限制，有时也不能尽如人意。
一、始刊本与早期刻本
《全元文》注重利用元人文集的早期刻本，在182位作者的203种文集中，《全元文》采录元刊本8种，元刊明修本2种，明刊本32种，明刊清修本2种，合计44种。这些版本对于《全元文》的意义，不在于其年代久远，有很高的文物价值，而在于其刊板时间与作者写作的时代较为接近，能够较好地保存作品的原貌。其中国家图书馆藏元延祐六年（1319）李怀素刊本《知常先生云山集》，是《全元文》存录的刊板年代最早的元人文集，至今已有近七百年历史。原书5卷，诗3卷文2卷，今存本已残，仅存卷3至5，所幸残佚部分恰是诗集，文集部分尚保存完整，《全元文》即据之收录蒙古国时期全真道士姬志真的文章。
在《全元文》采录的元刊本中，大部分是作者文集的始刊本。如元前期名臣刘敏中，“以文学受简知，致身通显，朝廷典册，钜公铭诔，所著为多”。[1]刘氏卒后，诗文集藏于家中，学者不可得见。元统二年（1334），其婿魏谊将刘敏中集刊板传世，嘱韩性为之序。此为敏中集的始刊本，上距延祐六年（1319）刘氏辞世，不过十五年。《全元文》即据国家图书馆藏来自台湾的元元统二年刊本《中庵先生刘文简公文集》25卷的缩微胶片，收录刘敏中的文章，避免了使用《四库全书》辑佚本或清抄本可能出现的传抄错误。又如元代名僧释大，传世文章多至340余篇。其诗文集《蒲室集》15卷、附《书问》1卷、《疏》1卷、《笑隐和尚语录》1卷，为大生前所编刊，后至元四年（1338）虞集作序。《全元文》收录释大文集，也是以始刊的元后至元本为底本，很好地保存了大作品的原貌。又如色目名臣马祖常（1279～1338），中延祐二年元朝首科进士，握手历清华，践任台阁，诗文温厚典则，有汉唐之风。祖常卒于后至元四年，门生苏天爵编其诗文为《石田先生文集》十五卷，后至元五年刊刻于扬州儒学。《全元文》即据此始刊本收录马祖常之文集。此外，《全元文》用为底本的元至顺元年（1330）宗文堂刊本《静修先生文集》，元刊本《村西集》与《西翁近稿》，也都是刘因、谭景星文集的始刊本。
《全元文》使用的其他元刊本或元刊明修本，即使不是作者文集的始刊本，也都是现今存世的最早版本。如陈旅（1288～1343），字众仲，兴化莆田（福建莆田）人。幼孤，笃志于学，师从乡先生傅古直，出为闽海儒学官。马祖常出使福建，勉其游京师。虞集见陈旅文章，赞赏有加，相与讲习。以荐授国子助教，元统二年（1334）出为江浙儒学副提举，又入朝任翰林应奉文字、国子监丞，至正三年卒。陈旅博学洽通，以文章名世，为文典雅峻洁，求合于先秦古作及唐宋大家。著作《安雅堂集》13卷，为其子陈吁编次，至正九年（1349）张翥、十一年林泉生作序，至正中刊行。元刊本今已不存，国家图书馆藏有元至正刊明修本《陈众仲文集》13卷（卷8至卷13配清抄本），且有黄丕烈等名家跋语，黄丕烈、钱大昕、瞿熙邦填补缺字，是今存陈旅文集的最早版本。[2]《全元文》即据此版本，收录陈旅集中文章184篇，补集外文6篇。同样，《全元文》收录元刊本《艮岩余稿》，元至正十四年（1354）刊本《张文忠公文集》，元刊明宣德七年（1432）修版重印本《养蒙先生文集》（存卷1至卷5），也分别是梅应发、张养浩与张伯淳文集的传世诸本中刊刻年代最早的。
