相对来说，刑事程序立法修正的问题要严重得多。1996年修正的刑事诉讼法典的时候，受一系列因素的影响，在以下八个方面存在严重不足：（1）无罪推定原则的贯彻是不彻底的，《刑事诉讼法》第12条“未经人民法院依法判决对任何人都不得确定有罪”的规定还算不上完全意义上的无罪推定。以疑罪的处理为例，侦查机关习惯于“疑罪从挂”——遇到“疑罪”，由于问题难以处理，索性将案件搁置起来；还有检察机关的“撤回公诉”、审判机关的“发回重审”也都存在回避无罪判决的情形。（2）公、检、法三机关分工负责、互相配合、互相制约的原则存在较大的缺陷。该类模式下，不仅法院的中心地位得不到保障，检察机关的法律监督也逃离不了虚弱无力的命运。（3）辩护制度存在严重的问题。现行刑事诉讼法具有浓厚的职权主义特征，对律师介入的时间、方式等做了过多的限制，导致了控辩关系的严重失衡。以辩护律师会见当事人的情形为例，现行刑事诉讼法（包括司法解释）为律师会见当事人设置了诸多包括“涉及国家秘密”、“有碍侦查”以及“派员在场”在内的障碍。尽管有些问题在2007年修改的《律师法》中得到了部分解决，还需要得到刑事诉讼法的补充完善。（4）粗糙的证据制度有待完善。现行刑事诉讼法仅用8个条文对证据制度进行了规定，这与证据制度的重要地位是不相称的。立法的粗糙还体现在非法证据排除、证人出庭作证等极为重要的证据制度上，现行规定乏善可陈。（5）刑事权力制约的不足直接导致了强制措施的泛滥。以取保候审的期限规定为例，《刑事诉讼法》第58条明确规定“人民法院、人民检察院和公安机关对犯罪嫌疑人、被告人取保候审最长不得超过十二个月”，但有关司法机关各自宣布各自的取保期限均为12个月，不仅极大地延长了取保候审的期限，还严重侵犯了被追诉人的诉讼权利。（6）被追诉人的“如实供述义务”亟须修改。以《刑事诉讼法》第93条的规定为例，该条规定：“犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答。”很显然，上述规定与作为基本人权内容的沉默权背道而驰，而沉默权早已成为诉讼文明和有关国际公约的重要内容。（7）将刑事鉴定的决定权单方面授予司法机关，不仅破坏了控辩平衡，而且不利于案件事实的查明。例如，《刑事诉讼法》第119条规定：“为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定。”第121条规定：“侦查机关应当将用作证据的鉴定结论告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。”除此之外，刑事诉讼法没有对鉴定机构的中立性作出具体规定，以至于司法机关常常在鉴定问题上“自说自话”，既不符合程序中立的要求，也容易引发其他当事人的质疑。（8）简易、快捷程序存在严重不足。在此前的研究中，我们早就明确指出“灵活多样的程序性制度严重不足”[3]的问题。所谓灵活多样的程序性制度，就是指包括不起诉制度、辩诉交易等在内的刑事诉讼程序。相对于冗长、反复的普通程序而言，上述程序不仅具有简易、快捷的特点，还能对刑事程序的繁简分流、诉讼效率以及被害赔偿产生积极影响。
