一是在激励的政策导向性上相关政策有待完善。义务教育绩效工资改革率先进行，在政策上应有一个不断完善的过程。具体来说有三个方面：（1）在总量核定上，国家文件规定按照教师平均工资水平不低于当地公务员平均工资水平的原则确定，由于政策规定比较笼统，加之各地认识上的问题，几乎所有的地方都是按照公务员的阳光工资水平来等量确定义务教育教师的绩效工资水平，使得政策没有结合各地不同情况具有一定的弹性。（2）在结构比例上，国家文件规定基础性占70%、奖励性占30%，由于20世纪90年代事业单位工资改革实行过30%活工资政策，当时各地基本上按照本人工资的30%发放的，没有拉开差距。历史上的相似情况，使得在本次绩效工资改革中，不少基层学校和教师存在30%是自己工资的认识误区，影响了改革的推进。同时，30%的比例有些偏低。（3）在项目设定上，国家文件将班主任津贴、农村教师津贴列为绩效工资项目之一，本意上突出对这两个群体的重视，但在津贴来源上规定从绩效工资总盘子中统筹解决（以往班主任津贴、农村教师津贴在工资外单列），使得在一些绩效工资水平低的地方难以实现政策预期效应，甚至会引发一些矛盾。
二是激励的经费保障性上保障机制不尽健全。绩效工资政策虽然规定义务教育学校教师绩效工资所需经费纳入财政预算，并强调“省级统筹”，但未对省级财政义务教育投入的基线标准、配套资金比例与数额予以明确，造成绩效工资经费负担目标不明，责任不清。目前的现实状况是，中央财力支持不足，省级统筹责任不清，财政保障的责任重心无论是在“县级财政优先保障”的政策指导下，还是在各地实际执行中，均出现了财政责任不同程度的层层下移，最终落到了县级财政上。从我省义务教育学校实施绩效工资的实践看，欠发达县级财政承受能力有限，可用财力较弱，财政支出压力较大，绩效工资财政资金来源很大程度上靠压缩教育事业发展经费以及各级财政转移支付来完成，影响了对教育基础设施建设的投入，也影响了教育的长远发展。
三是在激励的公平认可性上水平核定地区间存在一定差距。实施绩效工资前，义务教育学校教师工资实际存在两种收入差距，一种是同一县域内不同学校之间的教师收入差距；另一种是不同县域之间的教师收入差距。义务教育学校实施绩效工资，有效缩小了过去同一县域内不同学校之间教师工资收入的差距，保障了同一县域内义务教育教师工资水平的大体平衡，同时使得乡村教师的工资水平略高于县城教师，这对推进义务教育教师合理交流、促进义务教育均衡发展起到了积极的作用。但另一方面，由于实施绩效工资政策之后，教师绩效工资是按照“教师平均工资水平不低于当地公务员平均工资水平”的原则核定，不同县域之间公务员平均工资水平实际存在差距，导致不同县域之间教师绩效工资水平也相应存在差距，经济困难地区和发达地区差距超过两倍，挫伤了贫困和欠发达地区教师的积极性，也影响了经济困难地区教师队伍的稳定，加剧了骨干教师的流失。
